w06GWAS结果分析.pptx

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2018-11-06 发布于江苏
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Genome-wide Association Study---GWAS;发展历史;什么是GWAS;分子标记;形态学标记;细胞学标记;生物标记;分子标记;第一代：限制性片段长度多态性 (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP) 第二代：微卫星多态性（microsatellite）第三代：SNP SNP：Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性指同一位点不同等位基因之间核苷酸的差异。;理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但后两者非常少见，几乎可以忽略；占所有已知多态性的90%以上； SNP数目：目前，测得大约1500～3000万个SNP位点。分为：同义SNP（synonymous SNP）和非同义SNP（non-synonymous SNP）。;SNPs的基因型;SNP;SNP作为遗传标记的优势;SNP概念界定;基因型和表型;SNP的检测;GWAS的目的;基本流程;关联分析;GWAS分类;GWAS分类;GWAS试验设计;质量控制;质量控制;质量控制;质量控制;质量控制;关联分析的理论基础;LD产生的原因;LD的度量;D???的意义;D’值的95％可信区间（95%）;r2的意义;影响LD的因素;影响LD的因素;基于SNP的LD关联分析;基于SNP的LD关联分析;LD作图;LD 散点图;LD矩阵图（LD matrix）;邻近LD窗口分析;关联检验的模型;关联检验的模型;关联检验的模型;关联检验的模型;关联检验的模型;关联检验;关联检验;关联检验;R在GWAS中的应用;The SNP association analysis;;The whole genome SNP association analysis;The SNP annotation and enrichment