中国科学院大学科学计算中心用户快速使用手册.PDF

中国科学院大学科学计算中心 用户快速使用手册 (本手册适用于已有高性能计算集群使用经验的用户) 一、高性能计算集群基本环境 中国科学院大学科学计算中心高性能计算集群是有多种类型的服务器节点组成的大型 计算集群系统。计算节点采用浪潮SA5248L 机型，为四子星高密度计算机型。每个计算节点 配有2 颗8 核CPU，32G 内存，500G SATA 硬盘。计算中心系统的存储分为两种：每台计算 节点配备本地硬盘、由存储节点所构建的lustre 分布式并行文件系统。计算节点严禁普通用 户直接登陆，其上的本地硬盘供系统和用户基本信息存放使用。用户的所有操作都应该在账 号对应的$HOME （称为用户家目录）下进行，用户登陆后，会自动引导到自己的家目录下。 鉴于存储空间有限和数据安全的考虑，请用户务必做到及时下载计算结果文件并定期清理存 储空间。 根据我校实际情况，用户分为三大类。 A 类：本科生和集中教学阶段研究生 登录节点lu01，任务提交节点lu02 B 类：教师和高年级研究生 登录节点lu01，任务提交节点lu03 C 类：其他用户（暂无） 注意：不同类别用户所使用的任务提交节点以及计算队列分配不同。 二、登录到计算集群 科学计算中心高性能集群操作系统为CentOS 6.4，本手册读者需具备LINUX 基础知识。 用户请使用xshell 等ssh 工具登陆。 远程主机的IP 地址：51，端口22 登录的主机即为lu01，可通过ssh lu02 或者ssh lu03 切换到任务提交服务器lu02 或者lu03 新建用户设有初始密码，第一次登录后请立即更改自己的密码，更改密码命令为 passwd， 新密码不得太简单，建议同时包含大小写字母、数字和符号。 [inspur@lu01 ~]$passwd 注意：用户只可在 lu01 上修改密码，在其它节点上修改密码无效。用户丢失密码时，请联 系管理员scc@ 三、上传文件到集群 输入文件和PBS 脚本文件请在本地编写好后使用xftp 工具上传至用户作业工作目录，并 建议上传后使用dos2unix 命令转换格式。 四、提交作业 目前计算中心使用浪潮所提供的TSCE 作业管理系统，用户使用PBS 脚本提交计算任务。 有关集群编译环境的详细情况请见附录A 。计算中心部署有Intel MKL 数学库，包含 BLAS、 LAPACK、FFT、ScaLAPACK 、BLACS 等，安装于/opt/intel/mkl/ 下。有关计算队列的详细情况 请见附录B。下面为一个简单的PBS 脚本及使用示例，更多任务类型和作业脚本范例请见附 录 C，更多作业管理命令请参考 《科学计算中心用户手册》或者TORQUE （OPENPBS ）帮助 文件。 1、PBS 脚本示例如下 （请根据实际情况修改使用） #PBS -N vasp #PBS –e /home/inspur/error #PBS –o / home/inspur/work/stand #PBS -l nodes=2:ppn=16 #PBS -l walltime=120:00:00 #PBS -q queuename #PBS –V #PBS -S /bin/bash ############指定环境变量########### source /opt/intel/composer_xe_2013/bin/compilervars.sh intel64 source /opt/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh source /opt/intel/impi/4.1.1/bin64/mpivars.sh cd $PBS_O_WORKDIR suanli=/home/jinjf/cpmd_test/2h2o-geoopt.inp ##############脚本部分############ NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l` cat $PBS_NODEFILE /tmp/nodefile.$$ mpirun -genv I_MPI_DEVICE r