代谢网络模型运输反应添加及其在副产物分析中的应用-生物化工专业论文.docx

PAGE PAGE 3 目录 HYPERLINK \l _bookmark0 第一章 文献综述 1 HYPERLINK \l _bookmark1 1.1 系统生物学 1 HYPERLINK \l _bookmark2 1.2 基因组尺度代谢网络模型的发展现状 2 HYPERLINK \l _bookmark3 1.3 基因组尺度代谢网络模型的应用 5 HYPERLINK \l _bookmark4 1.3.1 指导代谢工程 5 HYPERLINK \l _bookmark5 1.3.2 致病机理研究和新药研发 6 HYPERLINK \l _bookmark6 1.3.3 结合合成生物学，开创生物新时代 6 HYPERLINK \l _bookmark7 1.4 基因组尺度代谢网络模型的构建流程 7 HYPERLINK \l _bookmark8 1.5 模型构建中出现的问题和挑战 8 HYPERLINK \l _bookmark9 1.6 影响基因组尺度代谢网络模型准确性和构建自动化的因素 10 HYPERLINK \l _bookmark10 1.7 运输反应在模型模拟计算中的重要性 11 HYPERLINK \l _bookmark11 第二章 基因组尺度代谢网络运输反应数据集的构建 13 HYPERLINK \l _bookmark12 2.1 已构建模型运输反应分析总结 13 HYPERLINK \l _bookmark13 2.1.1 模型的筛选及数据下载 13 HYPERLINK \l _bookmark14 2.1.2 运输反应的提取和整理 15 HYPERLINK \l _bookmark15 2.1.3 来自模型的运输反应 17 HYPERLINK \l _bookmark16 2.1.4 协作运输 23 HYPERLINK \l _bookmark17 2.1.5 模型模拟 24 HYPERLINK \l _bookmark18 2.1.6 分析及结论 26 HYPERLINK \l _bookmark19 2.2 格式整理及运输反应网络数据集的构建 29 HYPERLINK \l _bookmark20 2.2.7 运输反应的格式整理 29 HYPERLINK \l _bookmark21 2.2.8 网络数据集的构建 30 HYPERLINK \l _bookmark22 2.3 运输蛋白数据库的分析 33 HYPERLINK \l _bookmark23 2.3.9 三个常用数据库的介绍 34 HYPERLINK \l _bookmark24 2.3.10 三个数据库的对比和结合 35 HYPERLINK \l _bookmark25 2.4 运输反应半自动化添加方法及存在的问题 36 HYPERLINK \l _bookmark26 2.4.1 运输反应添加方法和步骤 36 HYPERLINK \l _bookmark27 2.4.2 运输反应添加过程中的问题及在对模拟过程的影响 39 HYPERLINK \l _bookmark28 第三章 基于运输反应模拟的副产物分泌研究 41 HYPERLINK \l _bookmark29 3.1 大肠杆菌模型模拟 41 HYPERLINK \l _bookmark30 3.1.1 模型准备和模拟条件设定 41 HYPERLINK \l _bookmark31 3.1.2 模拟结果和分析 42 HYPERLINK \l _bookmark32 3.1.3 能量与生长速率的关系 44 HYPERLINK \l _bookmark33 3.2 枯草芽孢杆菌模型模拟 46 HYPERLINK \l _bookmark34 3.2.4 模型准备和模拟条件设定 46 HYPERLINK \l _bookmark35 3.2.5 模拟结果和分析 46 HYPERLINK \l _bookmark36 3.3 大肠杆菌和枯草芽孢杆菌模型的模拟比较 48 HYPERLINK \l _bookmark37 3.4 讨论 49 HYPERLINK \l _bookmark38 3.5 运输反应对代谢工程的指导 50 HYPERLINK \l _bookmark39 第四章 结论和展望 52 HYPERLINK \l _bookmark40 4.1 结论 52 HYPERLINK \l _bookmark41 4.2 展望 52 HYPERLINK \l _bookmark42 参考文献 54 HYPERLI