分子动力学模拟方法研究拮抗剂的结合对B类GPCR促肾上腺皮质激素释放因子受体1(CRF1R)的构象影响-生物化学与分子生物学专业论文.docx

万方数据 万方数据 南开大学学位论文原创性声明 本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师指导下进行研究工作所取得的 研究成果。除文中已经注明引用的内容外，本学位论文的研究成果不包含任何他人创 作的、已公开发表或者没有公开发表的作品的内容。对本论文所涉及的研究工作做出 贡献的其他个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本学位论文原创性声明的法律 责任由本人承担。 学位论文作者签名： 徐俊丽 2015 年 5 月 20 日 非公开学位论文标注说明 (本页表中填写内容须打印) 根据南开大学有关规定，非公开学位论文须经指导教师同意、作者本人申请和相 关部门批准方能标注。未经批准的均为公开学位论文，公开学位论文本说明为空白。 论文题目 申请密级 □限制(≤2 年) □秘密(≤10 年) □机密(≤20 年) 必威体育官网网址期限 20 年 月 日至 20 年 月 日 审批表编号 批准日期 20 年 月 日 南开大学学位评定委员会办公室盖章(有效) 注：限制★2 年(可少于 2 年);秘密★10 年(可少于 10 年);机密★20 年(可少于 20 年) 中文摘 中文摘要 中文摘要 人的促肾上腺皮质激素释放因子 1 受体(CRF1R)是一个 B 类的 G 蛋白偶联受 体（GPCRs）,它介导应激反应（response to stress）并且是治疗抑郁症等疾病的 药物作用靶点。在 CRF1R 晶体结构的基础上 ,我们研究两个不同的拮抗剂 CP-376395 和 MTIP 的结合机制以及拮抗剂结合诱导的 CRF1R 的动力学行为。 通过分析发现了和两个拮抗剂都有相互作用的关键残基以及与各拮抗剂特异结 合的残基。这两个拮抗剂与 Asn 283，Phe 203，Met 206，Leu 280，Tyr 316，Leu 323，Leu 287，Phe 284，Val 279，Leu 319， Phe 207，Gly 210 和 Phe 362 都有 相互作用，而 CP-376395 特异性的与 Glu 209 和 Phe 160 有相互作用，MTIP 特 异性的与 Leu 320，Leu 213，Ile 290，Phe 162 和 Val 313 有相互作用。通过结合 自由能的分析发现 MTIP 的自由能比 CP-376395 的低，这与实验数据一致。有拮 抗剂结合的 holo-CRF1R 与 apo-CRF1R 的构象动力学行为有三方面的不同：（1） TM2 中的 Arg 151 和 TM3 中的 Glu 209 之间的离子锁在 apo-CRF1R 中断裂，但 在 holo-CRF1Rs 中形成（；2）TM3 中的 Phe 203 和 TM6 中的 Tyr 327 在 apo-CRF1R 中互相接近, 而在 holo-CRF1Rs 中它们互相远离，造成 TM6 的转移；（3） Tyr327/Leu323/Phe284 三个残基构成“旋转异构开关”，这三个残基在 holo-CRF1R 与 apo-CRF1R 中有不同的旋转异构体构象。 关键词：CRF1R；拮抗剂；结合自由能；离子锁；旋转异构开关 Ⅰ Abst Abstract Abstract The human corticotropin-releasing factor receptor type 1 (CRF1R) is a class B G-protein-coupled receptor (GPCR) which mediates the response to stress and has been considered as a drug target for depression and anxiety. Based on the CRF1R-antagonist crystal structure, we study the binding mechanism of two distinct antagonists, CP-376395 and MTIP, and the dynamics behaviors of CRF1R induced by an antagonist binding. Key residues interacting with both antagonists and residues specifically binding to one of them are identified. Both antagonists interact with Asn283, Phe203, Met206, Leu280, Tyr316, Leu323, Leu287, Phe284, Val279, Leu319, Phe207, Gly210