基于SSR标记的金针菇若干重要性状的关联分析-食品工程专业论文.docxVIP

上海海洋大学 博/硕士学位论文 答辩委员会成员名单 姓名工作单位职称备注陈明杰上海市农业科学院研究员主席王永杰上海海洋大学教授委员鲍大鹏上海市农业科学院研究员委员委员委员委员委员汪虹上海市农业科学院研究员秘书答辩地点食用菌所 118 室答辩日期 2014.5.27 基于 SSR 标记的金针菇若干重要性状的关联分析 摘 要 金针菇作为我国主要的食用菌栽培品种之一，也是我国工厂化生产发展最快 的栽培食用菌，产量居于世界上第四位，具有重要的商业价值。金针菇分布广泛， 种质资源丰富，给金针菇遗传育种提供了丰富的亲本材料。金针菇的原基期、单 瓶产量等农艺性状是具有连续变异特性的数量性状，遗传机制复杂，也是金针菇 育种工作中的重要目标性状。分子标记能直观反映基因型特点，通过分子标记与 农艺性状关联定位改良性状已成功运用在很多物种上，但金针菇的关联定位工作 仍处于起步阶段。利用分子标记技术结合数量性状的数据，以连锁不平衡为基础 的关联分析方法进行金针菇数量性状的遗传研究，给金针菇选育优良新品种提供 了新的思路。 本研究选择保藏于上海市农业科学院食用菌所的源自不同国家和地区的 90 个 金针菇菌株为研究材料，通过液体培养菌种，工厂化条件下进行栽培试验，探究 了金针菇的原基期、菌柄长度、菌柄直径、菌盖直径、单瓶产量之间的相关程度。 在依据金针菇 Dan3 测序结果设计合成的 SSR 引物中筛选到 95 个具有多态性的标 记，对材料的遗传多样性和群体结构进行了分析。结合上述各个性状的表型数据， 通过基于连锁不平衡的关联分析方法，进行了性状与标记的关联分析研究，旨在 发掘与农艺性状相关联的位点。主要结果如下： 1. 金针菇的原基期、菌柄长度、菌柄直径、菌盖直径、单瓶产量相关分析结果表 明：单瓶产量的变异最大，原基期的变异最小。菌柄长度与原基期、单瓶产量 成极显著正相关，与菌盖直径显著相关；而菌柄直径与菌盖直径成极显著相关。 即金针菇各个性状之间的相关性较小，部分性状并不相关。 2. SSR 标记等位变异丰富，95 个 SSR 引物在供试菌株中共检测到 582 个等位变 异，单位点等位变异变化范围为 3～13 个，平均为 6.13 个。各位点多态信息（PIC） 含量变化范围为 0.204～0.818，平均为 0.542； SSR 遗传相似系数介于 0.605～ 0.995，平均为 0.785。本研究供试的 90 个金针菇菌株来源广泛，地理差异大， 菌株间具有丰富的遗传多样性。基于 UPGMA 的聚类分析将 90 株金针菇分为 4 I  大类群，群体结构分析将供试菌株划分为 8 个亚群，但两者划分结果具有很高 的一致性。 3. 95 个 SSR 标记位点产生的 4465 个组合位点的连锁不平衡分布结果表明：在共 线性和非共线性的 SSR 位点间都存在一定程度的 LD。统计概率（p0.01）支 持的不平衡成对位点总位点组合数的 78.72%，其中统计测验概率为 0.001 显著 水平的不平衡成对位点占总位点组合数的 72.92%；连锁不平衡程度 D0.5 的 组合数占总位点组合数的 33.01%。 4. 通过 TASEEL 软件中一般线性模型对个 5 个农艺形状与 95 个 SSR 分子标记关 联分析结果表明：共检测到 7 个与 3 个性状显著关联的位点，其中与菌柄直径 显著相关联的位点有 4 个，分别为 119、122、171、186，其表型变异解释率依 次为 23.02%、21.86%、16.47%、22.02%；与单瓶产量显著相关联的位点有 2 个，分别为 99、171，其表型变异解释率依次为 18.94%、18.14%；与菌柄长度 显著相关联的位点有 2 个，分别为 65、195，其表型变异解释率依次为 23.55%、 15.43%。 5. 进一步分析和挖掘对农艺性状具有增效或减效的优异等位变异基因结果表明： 与菌柄直径关联位点的等位变异中，119-3 增效表型效应最大；与单瓶产量显 著关联位点的等位变异中，171-2 增效表型效应最大；与菌柄长度关联位点的 等位变异中，195-4 增效表型效应最大。初步推测出的关联位点还有待于后续 工作进行验证。 关键词： SSR；金针菇；遗传多样性；关联分析 II  Association analysis of important agronomical traits of Flammulina velutipes by SSR markers ABSTRACT Flammunlina velutipes is one of the main cultivated and high-s