北京大学学信息学course-11.ppt

课程内容安排 第十一讲：Chemoinformatics 分子结构信息的计算机存储和表达 分子二维数据库和数据库检索技术 第十二讲：Cheminformatics 分子多样性和化合物筛选 三维结构的实验数据资源 基于三维结构的计算方法 化合物组合库 高通量虚拟筛选 化学信息学 第十一讲 Chemoinformatics 内 容 相关名词辨析及化学信息学由来 分子结构信息的计算机存储和表达 分子二维数据库和数据库检索技术 名词解释 － Computational Chemistry 计算化学： 使用数学方法计算分子性质和模拟分子行为的方法。并且包括合成设计、数据库有哪些信誉好的足球投注网站、组合库操作等 (Hopfinger, 1981; Ugi et al., 1990). IUPAC Computational 相关名词辨析 /content/chemoinformatics_gloss.asp 名词解释 － Molecular Modeling 分子建模方法： 使用计算化学和图形显示技术研究分子结构和性质，从而获得在给定环境下的分子三维结构的近似表达 IUPAC Medicinal Chemistry, IUPAC Computational 名词解释 － Chemometrics 化学统计学： 使用数理统计学的方法对化学信息（如有机，分析和药物化学）进行分析，或进行化学实验的设计和模拟 IUPAC Computational 名词解释 － Bio-informatics 生物信息学： 使用数理统计学的方法对化学信息（如有机，分析和药物化学）进行分析，或进行化学实验的设计和模拟 IUPAC Computational 名词解释 － Chemoinformatics ??： Chemoinformatics 是知识管理（knowledge management）的有机组成部分 Nicholas J. Hrib, Norton P. Peet Chemoinformatics: are we exploiting these new science?“ Drug Discovery Today 5 (11): 483-485, Nov. 2000 名词解释 － Cheminformatics 化学信息学： …结合化学合成、生物筛选及数据挖掘技术指导药物发现和开发，… 用于合理的设计具有类药性质的化合物，…构建用于虚拟高通量筛选的智能化合物库，…研究以往的数据知道先导化合物的优化 Cheminformatics: Intelligent Drug Discovery May 28- 30, 2003 Philadelphia PA Human Alcohol Dehydrogenase (Adh1A) 分类:?? Oxidoreductase 简介: Molecule: Class I Alcohol Dehydrogenase 1, Subunit; Chain: A, B; Engineered: Yes 实验方法?: ?X-ray Diffraction Human Alcohol Dehydrogenase (Adh1A) 分子结构信息的计算机存储和表达 如何使用计算机存储化学结构？ 如何处理存储的结构信息? 计算机在Chemoinfomatics中的应用？ 分子结构信息表达的内容 原子 原子间的连接 键型 立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms 分子结构信息表达的内容 原子 原子间的连接 键型 立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms 分子结构信息表达的内容 原子 原子间的连接 键型（芳香环） 立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms 分子结构信息表达的内容 原子 原子间的连接 键型（芳香环） 立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms 分子结构信息表达的内容 原子 原子间的连接 键型（芳香环） 立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms 分子结构一维表示法(Line Notation) 简介： 使用字符串表示分子结构 现有的几种表示法 Wiswesser Line Notation (WLN) (Dialog) Simplified Molecular Input Line System (SMILES/SMARTS) – (Daylight) Representation of Structur