高通量测序在临床精准诊断中应用.pptVIP

PGS临床流程 检测内容： 全部染色体非整倍体 大于4Mb的新发的染色体微缺失/微重复 大于1Mb的遗传自父母的染色体微缺失/微重复 ? 使用范围: 高龄患者（≧35岁） 有反复流产史的患者（自然流产≧3次） 反复胚胎种植失败的患者（失败≧3次） 生育过染色体异常患儿的夫妇 自身染色体数目或结构异常的夫妇 严重的男性不育（SMF），少弱精子症、畸精症 自愿接受胚胎染色体异常排查的夫妇 PGS检测内容及适用范围 对NGS在PGS应用的思考 高灵敏NGS技术的测序环境防污染系统的建立 单细胞测序 操作者脱落细胞的污染？ 样本与植入物的一致性问题 胎盘/胎儿染色体结构差异（也叫局限性胎盘嵌合，cpm）现象在生殖领域（PGS）也存在，具体指囊胚活检样本与其内细胞团染色体结构不一致，发生比例大概1-10%，因为研究难度较大，具体数字还没有共识。 注册审批的难度 1)国家标准物质研制 2)临床试验的难点? NGS在肿瘤分子诊断中的应用 *每10万人发病人数 **每10万人死亡人数 数据来源：全国肿瘤登记中心的《2012中国肿瘤登记年报》 前十大肿瘤发病占肿瘤整体发病比例76.39% 前十大肿瘤死亡占肿瘤整体发病比例84.27% 发病率* 每年新发3,120,000人 死亡率** 每年死亡2,700,000人 肺癌，54人 胃癌，36人 结直肠癌，29人 肝癌，29人 食管癌，22人 乳腺癌，21人 胰腺癌，7人 淋巴癌，7人 膀胱癌，7人 甲状腺癌，7人 肺癌，46人 肝癌，26人 胃癌，26人 食管癌，17人 结直肠癌，14人 胰腺癌，7人 乳腺癌，5人 白血病，4人 脑癌，4人 淋巴癌，4人 多种临床肿瘤分子诊断需求 全面的基因检测 多种样本类型 可进行疗效监测 靶向用药相关基因 化疗用药相关基因 肿瘤易感性相关基因检测 肿瘤发生相关基因检测 血液样本 小标本组织样本 大标本组织样本 准确定量 遗传性肿瘤突变检测（Germ line） 临床应用： 检测多种肿瘤的患病风险； 检测肿瘤基因型，判定家系成员患病风险； 指导肿瘤个性化治疗。 科研应用 快速、低成本的探索肿瘤相关基因的突变； 若采用毛细管测序的技术，一次只能检测一条DNA片段，需要大量人力，成本高，且需要大量DNA样本。、 茱莉 BRCA1阳性 针对肿瘤基因外显子或SNP多态性位点进行NGS检测。 肿瘤组织体细胞突变检测（Somatic） 肺癌 Lung 结肠癌 Colon 黑色素瘤Melanoma 胃癌 Gastric 卵巢癌 Ovarian EGFR KRAS KRAS BRAF BRAF KIT KIT PDGFRA AKT1 PIK3CA AKT1 PIK3CA GNAQ KRAS AKT1 FGFR2 AKT1 ERBB2 ALK PTEN APC PTEN MAP2K1 NRAS PIK3CA p53 PTEN p53 BRAF p53 CTNNB1 SRC PIK3CA PTEN CTNNB1 MAP2K1 EGFR p53 MET NRAS FBXW7 MET NRAS Industry Guidelines Emerging and Clinical Trials 指导肿瘤的个体化治疗 很多肿瘤患者无法进行活检或手术； 穿刺受检者严重不适感； 穿刺自身的临床风险； 取材时间点受限，很难进行多次取样； 肿瘤异质性。 基于组织的肿瘤体细胞突变检测的局限性 液态活检(Liquid Biopsy) Speicher M R, Pantel K. Tumor signatures in the blood[J]. Nature biotechnology, 2014, 32(5): 441-443. 循环肿瘤细胞 (Circulating tumor cells, CTCs) 游离肿瘤DNA (Circulating tumor DNA, ctDNA) 目前看，ctDNA更适合做液态活检 作为无法获取组织标本的补充，无创取样后的检测结果指导临床用药 实现实时动态监测， 预测耐药及复发 提高全程管理水平 指导用药 实时监测 循环而匀质的血液标本，在一定程度有效克服异质性 匀质标本 未来可用ctDNA血液检测进行突变状态的动态耐药复发监测 肿瘤类型繁多，分子突变特点不一； 高灵敏度定性、定量检测，技术分辨率要求高； ctDNA来源复杂，不同肿瘤患者个体差异较大，数据解读与注释需谨慎； 目前仍局限于晚期肿瘤的临床应用； 需要大规模、多中心临床验证数据。 ctDNA检测技术面临的挑战 对NGS在肿瘤应用的思考 肿瘤风险易感基因检测对诊断的价值