第二章、生物只分子数据库.ppt

第一节、分子生物信息数据库 一、分子生物信息数据库简介 一、分子生物信息数据库简介 一、分子生物信息数据库简介 一、分子生物信息数据库简介 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 （三）DDBJ数据库 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 KEGG KEGG DIP DIP ASDB--ASTD TRRD  TRRD  EPD EPD PROSITE PROSITE 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 二、各大类主要数据库介绍 EPD(http://www.epd.isb-sib.ch/) 是真核基因启动子数据库提供从EMBL中得到的真核基因的启动子序列，目标是帮助实验研究人员、生物信息学研究人员分析真核基因的转录信号。 PROSITE数据库收集了生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下，某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低，但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式，这样就可能通过PROSITE的有哪些信誉好的足球投注网站找到隐含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。 PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；除了序列模式之外，PROSITE还包括由多序列比对构建的profile，能更敏感地发现序列与profile的相似性。PROSITE的主页上提供各种相关检索服务。 http://www.expasy.ch/prosite/ 生物信息学数据库导航系统 1、DBCat DBCat是生物信息数据库的目录数据库，它收集了500多个生物信息学数据库的信息，并根据它们的应用领域进行了分类。包括DNA、RNA、蛋白质、基因组、图谱、蛋白质结构、文献著作等基本类型。数据库可以免费下载或在网络上检索查询。 DBCat的网址是：biogen.fr/services/dbcat/ 153 Miscellaneous 43 Literature 18 Protein structure 29 Mapping 58 Genomic 94 Protein 29 RNA 87 DNA 数据库个数 数据对象 DBCat中分类数据库个数 生物信息学数据库导航系统 1、DBCat 生物信息学数据库导航系统 ２、生物软件网： 生物信息学数据库导航系统 3、核酸研究杂志（NUCLEIC ACIDs RESEARCH）每年第一期公布的生物学数据库资源 The 2011 Nucleic Acids Research Dadabase issue and the online molecular biology database collection. Nucleic Acids Res. 2011 ;39: D1-D6.  生物信息学数据库导航系统 3、核酸研究杂志（NUCLEIC ACIDs RESEARCH） 第二节、序列格式转换 　　 　　进行生物信息学的研究时，常常需要进行序列格式的转换，以满足不同生物信息学分析软件的需要。 Fasta/pearson Dnastrider EMBI 常见的序列格式 常见的序列格式 GCG Phylip Genebank 常见的序列格式 Paup NEXUS NBRF Pir codata 如何进行序列格式转换 1、利用软件 如何进行序列格式转换 2、利用网络