第二章敏生物分子数据库.ppt

SRS集成检索系统 SRS快速文本检索窗口 SRS检索结果页面显示的检索结果 SRS蛋白质记录详细内容页面 三、DDBJ数据库 日本DNA数据库DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，与NCBI的GenBank，EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库。他们开发了SQmateh工具，用来有哪些信誉好的足球投注网站基因或蛋白质中短的碱基或氨基酸序列区域，并建立了简便且易操作的SOAP(simple object aeeess protoco1)服务器。DDBJ主要收集来自日本研究者获得的序列数据，但也收集数据和发放编号给任何其他国家的研究者。 第三节 蛋白质数据库 随着分子生物学的发展，人们获得了越来越多关于蛋白质序列、结构和功能的信息。世界各国的生物学家和计算机科学家合作利用这些信息构建了蛋白质序列数据库、蛋白质三维结构数据库、蛋白质组数据库（二维凝胶电泳数据库）、信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库、DNA和蛋白质相互作用数据库等蛋白质相关数据库。 常用的蛋白质序列数据库： PIR MIPS Swiss-Prot（trEMBL） Present：UniProt数据库仓库 蛋白质功能、结构域和蛋白质家族有关的数据库： PROSITE InterPro Pfam ProDom SMART 等 蛋白质三维结构相关数据库： PDB BioMagResBank SWISS-MODEL Repository ModBase CATH SCOP ReLiBase TOPS SWISS-3DIMAGE BioImage等 蛋白质二维凝胶电泳数据库： WORLD-2DPAGE Phoretix links 信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库： DIP INTERACT ProNet KEGG CANSITE SPAD CSNDB等 Frequently-used protein sequence database UniProt: 由 EBI (European Bioinformatics Institute)管理的数据库 由两部分组成 有详细注释的序列，数据来源于实验 与40个数据库相互参照（cross-reference） Swiss-Prot/trEBMB UniProt包含3个部分： （1）UniProt Knowledgebase（UniProt） 蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心 （2）UniProt Non-redundant Reference（UniRef）数据库 将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中 以便提高有哪些信誉好的足球投注网站速度； （3）UniProt Archive（UniParc） 资源库，记录所有蛋白质序列的历史。 第四节 常用的数据库 1、基因组数据库（GDB） 人类基因组计划所得到的图谱数据 目前GDB包含对下述三种对象的描述： （1）人类基因组区域 包括基因、克隆、PCR标记物、断点、细胞遗传学标记、易碎位点、 EST、综合区域、contigs、重复等； （2）人类基因组图谱， 包含细胞遗传学图谱、连接图谱、辐射混合图谱、contig 图谱、集成图谱，所有这些图谱都可以被直观地显示出来； （3）人类基因组中的变化， 包括基因突变和基因多态性，加上等位基因频率数据。 其它模式生物基因组数据库 如：鼠基因组数据库 MGD （/） 酵母基因组数据库 SGD （/Saccharomyces/） Ensembl (/） 人类基因组数据库Ensembl Ensembl包括所有公开的人类基因组DNA序列，通过注释形成的关于序列的特征。 现在包括其他基因组，如大鼠、小鼠、线虫、果蝇等。 例如：基因 通过实验发现的 或者是通过GenScan程序预测的 其他的特征： 单核苷酸多态性（SNP）、重复序列等 Ensembl 数据库结构图 2、表达序列标签数据库dbEST dbEST (/dbEST）是GenBank的一个部分,为GenBank的二级数据库 EST（Expressed Sequence Tags）方法已被证明是识别转录序列的最有效方法，主要是从大量不同组织和器官得到的短mRNA片段，反转录成稳定的cRNA 5’端或3’端的cDNA 序列单轮测序获得EST，300－400 bp GenBank 中大约56％的序列（65,255,769条序列，2010年）是 EST，这些序列来源于 1370个物种 3、蛋白质三维结构数据库 显示分子结构（RasMol ， ChemView ） Science 309:1522 (2005)