第四章浩电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术.ppt

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第四章浩电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术

回顾;第四章 电泳图谱的图像分析及 蛋白质消化技术 ;蛋白质表达谱;双向电泳分析软件;图像分析的基础: 使用文件扫描仪,但最好使用CCD获得图型。程序首先评估凝胶的“特征”,他是指与凝胶本底相比显现的重要不同。“特征”相当于凝胶上的蛋白质点。可以通过光密度(OD)、大小和体积(整个蛋白质点面积上的OD)来鉴定特征。这些鉴定参数是一块凝胶中或多块凝胶之间特征比较的基础。;第一节 电泳图谱的图像分析;电泳图谱的图像分析简介 what can we get from image analysis?;凝胶的图像处理分析及细胞蛋白谱的建立 ;PDQuest 软件简介;PDQuest 软件的使用;PDQuest 软件;PDQuest 软件的使用;一、 图象采集与加工 (editing images) ;1、扫描:凝胶染色后用扫描仪扫描,透射模式,全彩RGB,分辨率为400dpi-800dpi,尽量排除气泡,文件以tiff格式保存。 2、图片加工: 在PDQUEST 2-D分析软件中打开以tiff格式保存的文件可以。(单击“打开文件”图标和“File”菜单并选择“Open”命令,选择保存2-D图象文件的磁盘、路径和文件名,双击文件名或单击“Open”以打开2-D图象文件,此时tiff格式保存的文件会自动另外创建一个为PDQUEST 2-D分析软件自定义的文件格式2D Scan。) 单击工具栏上的control the image display 图标,会出现一个对话框,通过改变此对话框的High 和Low的值以改变明亮度。;;用工具栏的crop可以切割掉凝胶边缘没有蛋白质点的部分,以减少分析的复杂性,但要注意对你要分析的多块凝胶图像最好是切割成同样大小。 (在操作时先选择其中的一个凝胶图象并选定要切割的区域,然后在imageadvance cropsave crop settings下保存crop的设定条件并输入保存的名称,其他的图象切割时在imageadvance cropload crop settings中选定先前保存的名称即可 ) ;图象采集与加工后就要进行斑点检测,PDQUEST 2-D分析软件通过一个称之为“蛋白质斑点检测向导(spot identification wizard)”的程序来实现的。;单击“spot”菜单,选择“spot identification wizard”程序。 该程序首先需人工设定检测参数如最小斑点、最弱斑点、最大斑点和背景值,然后程序进行自动检测并可调节检测的灵敏度,若检测效果不理想,该步骤可反复进行。程序允许人工调节脱尾(streaks)、背景、斑点(speckles)和其他一些选项等。 这些参数设好后单击Find spot centers,其结果在凝胶图象会显示检测到的斑点会用“? 字(Spot Crosshairs)”表示,检测的蛋白质斑点应尽量与肉眼观测的相符。 在Parameter Set 项输入保存的名称,蛋白质斑点的参数可被保存,并能用保存的参数自动检测所有2-D凝胶中蛋白质斑点,单击Process all gels,会出现一个Auto-detect spots窗口,其中可以选择需要进行斑点检测的凝胶图象(这些凝胶图像需事先打开)。 蛋白质斑点检测完了之后,软件会自动创建另外两种格式分别为gel image 和gel spot。;;;由于在进行斑点检测时会错误的识别一些蛋白质斑点,比如将一些污染的非蛋白质点识别为蛋白质点、将本来是一个蛋白质点识别为两个蛋白质点或者反之。所以在匹配之前最好进行处理,同时将gel scan 、gel image 和gel spot图打开,然后单击edit spot tool,出现一个对话框,此对话框中有增加斑点(make a spot at cursor), 删除斑点(remove spot at cursor),合并斑点(combine spot in box)等图标,可根据你的目的而选择其中一个图标进行相应的斑点处理。这些处理只能在gel image图象中处理,但相应的在gel spot图象中会同时得到显示。;;蛋白质斑点检测完了之后,为了比较和分析不同凝胶中蛋白质斑点的改变,PDQUEST 可以建立一个Matchset。 单击matchcreat matchset, 出现一个Matchset的对话框,输入文件名称,保存路径,选择(select)或上载(load)gel spot 图像的文件名,然后单击creat, 出现一对话框,选择其中的一个图象做为参考图象(standard member), 整个Matchset用单个窗口(signal window)来表示,其中的亚窗口(subwindow)分别用来表示参考图像(用REF来表示)和成员

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