计算机基础课件_(45).pdf

计算机应用 生物信息数据库 与生物信息中心 王禄山 授课大纲 授课大纲  生命信息学——生命科学与计算机技术的交叉。  生物信息学的研究内容：（1）生物信息中心（2 ）生 物信息数据库及格式。  生物信息数据的检索工具——Entrez  文献的检索与管理软件——Reference manager  序列同源有哪些信誉好的足球投注网站分析工具——Blast  核酸、蛋白质序列比对分析软件——DS gene\DNASIS  生物大分子空间三维结构显示与分析软件——Rasmol  生物图像对比分析软件——Scion Image (NIH image)  生物科学数据处理软件——Origin 生物信息研究内容 1. 重要生物信息中心 2. 重要生物信息数据库 3. 数据库检索工具 4. 生物分析相关软件 一、重要生物信息中心 Bioinformatics Centres 一、重要生物信息中心 Bioinformatics Centres NCBI National Center for Biotechnology Information (US) EBI European Bioinformatics Institute (EU) www.ebi.ac.uk DDBJ DNA Data Bank of Japan (JP) www.ddbj.nig.ac.jp ExPASy Expert of Protein Analysis System (Switzerland ) www.expasy.ch PDB Protein Data Bank (US) /pdb/ CBIPKU 北京大学生物信息中心 （CN） /chinese/ BioSino 中国生物信息中心(CN ) NCBI： NCBI： /chinese/ / 二、重要生物信息数据库 生物信息学数据的表示形式 生物信息学数据的表示形式 平面文件(flat-file) – 信息在文件中顺序存放且具有特定格式 – 记录(Entry)通过“获得号”(accession #) 唯一确定 – 同一文件间和不同文件间信息的联系均 通过accession #实现 关系数据库(relational DB) – 基于实体联系模型(E-R模型) – 表中的记录(record/tuple)键唯一 确定 – 表之间通过外键建立联系 信息表示：关系数据库 信息表示：关系数据库 语义匹配 semantic semantic mapping mapping Relations Attributes 语义映射 查询 和处理过程 结果 生物信息学数据存在的问题 生物信息学数据存在的问题 信息源分布在世界各地不同的站点上 涉及多个数据源的全局问题无法立刻得到答案 – Painfully coll