第十章 微生物的分类与鉴定.ppt

生物界的分类 地球上的物种估计大约有150万,其中微生物超过10万种,而且其数目还在不断增加。在生物进化历史过程中演化形成生物种类和种群的多样性。 生物分类就是通过研究生物的系统发育及其进化历史,揭示各类生物的多样性及其系统关系,编制分类系统,还原生物的自然历史位置。 生物分类的二种基本的、截然不同的原则: a)根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类,这种表型分类重在应用,不涉及生物进化或不以反映生物亲缘关系为目标; b)按照生物系统发育相关性水平来分群归类,其目标是探寻各种生物之间的进化关系,建立反映生物系统发育的分类系统。 三域学说及其生物进化树 第一节 微生物分类单元与命名 分类学内容涉及三个相互依存又有区别的组成部分：分类、命名和鉴定。 界 Kingdom——亚界 门 Phylum——亚门 纲 Class——亚纲 目 Order——亚目 科 Family——亚科 属 Genus ——亚属 种 Species ——亚种 常用的微生物分类术语 3、型（form或type):常指亚种以下的细分，当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。仅仅以某一方面的性状差别来划分。 例：根据抗原结构不同，依血清学反应，就可以划分为不同的血清型。如禽流感病毒的H5N1型。 5、亚种（subspecies）或变种(variety):当一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状而又不足以区分为新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元-----亚种。 例：有一种芽孢杆菌，除了在酪氨酸培养基上产生黑色素这一特性不同于典型的枯草芽孢杆菌外，其余特性完全符合，那么这种芽孢杆菌即成为枯草芽孢杆菌黑色变种。 6、属（genus）:通常把具有某些共同特征或密切相关的种归为一个高一级的分类单元，称之为属。 一般而言，属间的差异比较明显，但属的划分也没有客观标准。 如葡萄球菌属、大肠埃希氏菌属等。 ⑴ 属名 是一个表示该微生物主要特征的名词或用作名词的形容词，斜体，单词第一个字母应大写。 如芽孢杆菌属：Bacillus，可缩写成B.或Bac. ⑶ 亚种名 亚种名为三元式组合，即由属名、种名加词和亚种名加词构成。 当某种微生物是一个亚种或变种时，学名就按三名法拼写。 学名=属名+种名加词+（符号subsp或var+）亚种或变种的加词 例1. 苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis (subsp) galleria 根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个命名模式（简称模式）作为该分类单元命名的依据。 模式菌株：是一个种的具体活标本，必须是该菌种的活培养物，是由一个被指定为命名的模式菌株传代而来。 新种：是指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。 发表新的细菌名称应在公开发行的刊物上进行，若新名称是在国际系统细菌学杂志（IJSB）以外的其他杂志上发表的，还必须经过新名称的合格化发表。 发表新名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等 (一)原核生物分类系统纲要 1、伯杰氏手册 美国的《伯杰氏鉴定细菌学手册》编写者集国际学术界的权威学者，为各国微生物分类学界公认的一本经典佳作。 1923年第1版，后于1925、1930、 1934、1939、1948、1957、1974年相继出版了第2至第8版，每个版本都反映了当时细菌学发展的新成就。其中第8版有美、英、德、法等14个国家的细菌学家参加了编写工作，对系统内的每一属和种都做了较详细的属性描述。1994年已出至第九版。 由于（G+C）mol%测定、核酸杂交和16SrRNA寡核苷酸序列测定等新技术和新指标的引入，使原核生物分类从以往以表型、实用性鉴定指标为主的旧体系向鉴定遗传型的系统进化分类新体系逐渐转变，现书名已改为《伯杰氏系统细菌学手册》（Bergey’s Mamual of Systematic Bacteriology），简称《系统手册》。 该手册从1984年到1989年分4卷出版了第一版；第二版从2001年开始出版。 一、微生物分类鉴定中的经典方法 其特点是人为地选择几种形态生理生化特征进行分类，并在分类中将表型特征分为主、次。一般在科以上分类单位以形态特征、科