生物信息学作业2.doc

生物信息学 实验三 1．了解什么是BLAST，它有哪些应用。 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或 HYPERLINK /view/1603921.htm \t _blank DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。 2．请在NCBI中查找你感兴趣的某一基因或蛋白，通过BLAST工具检索与其高度相似的序列，并将你查到的这一基因或蛋白与你检索到的与其相似的序列（其中一条）的比对结果列出来，简单说明序列比对评分和检索过程。 Homo sapiens coagulation factor VIII, procoagulant component (F8), transcript variant 1, mRNA Length=9048 Score = 398 bits (212), Expect = 1e-108 Identities = 214/215 (99%), Gaps = 0/215 (0%) Strand=Plus/Plus Query 15 GGAGCTGAATATGATGATCAGACCAGTCAAAGGGAGAAAGAAGATGATAAAGTCTTCCCT 74 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 559 GGAGCTGAATATGATGATCAGACCAGTCAAAGGGAGAAAGAAGATGATAAAGTCTTCCCT 618 Query 75 GGTGGAAGCCATACATATGTCAGGCAGGTCCTGAAAGAGAATGGTCCAATGGCCTCTGAC 134 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 619 GGTGGAAGCCATACATATGTCTGGCAGGTCCTGAAAGAGAATGGTCCAATGGCCTCTGAC 678 Query 135 CCACTGTGCCTTACCTACTCATATCTTTCTCATGTGGACCTGGTAAAAGACTTGAATTCA 194 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 679 CCACTGTGCCTTACCTACTCATATCTTTCTCATGTGGACCTGGTAAAAGACTTGAATTCA 738 Query 195 GGCCTCATTGGAGCCCTACTAGTATGTAGAGAAGG 229 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 739 GGCCTCATTGGAGCCCTACTAGTATGTAGAGAAGG 773 Homo sapiens chromosome X genomic contig, GRCh37.p5 Primary Assembly Length=6178498 Score = 451 bits (240), Expect = 2e-124 Identities = 242/243 (99%), Gaps = 0/243 (0%) Strand=Plus/Minus Query 1 TTCTTCCTGCTATAGGAGCTGAATATGATGATCAGACCAGTCAAAGGGAGAAAGAAGATG 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5139376 TTCTTCCTGCTATAGGAGCTGAATATGATGATCAGACCAGTCAAAGGGAGAAAGAAGATG 5139317 Query 61 ATAAAGTCTTCCCTGGTGGAAGCCATACATATGTCAGGCAGGTCCTGAAAGAGAATGGTC 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||