教程在集群和作业系统上.PDF

教程：在集群和作业系统上 使用ABCluster 作者：张鋆 zhangjunqcc@ 目录 • 前言 • 在Torque作业系统下运行串行isomer+Gaussian • 在Torque作业系统下运行并行isomer+Gaussian • 尾声 前言 前言 • ABCluster是一个效率极高并且使用方便的用于有哪些信誉好的足球投注网站化学 团簇的全局和局部极小点的软件。 • 本教程将讲述如何在计算机集群和作业系统上使用 ABCluster中的isomer和lego来进行大规模团簇有哪些信誉好的足球投注网站。 • 本教程默认读者已经熟悉ABCluster的简单用法。如果没 有，可以参考ABCluster的手册以及ppt教程： /software-abcluster-download.php 普通方式运行ABCluster • 如果读者有一台或者几台可以随便使用的服务器，那么直 接利用ABCluster其他教程中的步骤就可以直接进行有哪些信誉好的足球投注网站， 也就是用isomer或者lego调用Gaussian、DMol3来进行 局部优化和能量计算。 • 从2.0版本起，ABCluster可以跨节点并行。具体说，是利 用SSH命令连接到其他的机器来进行计算，而计算的顺序 则用ABCluster内部的一个微型排队系统实现。 计算机集群上运行ABCluster • 如果读者在具有排队系统的集群上运行ABCluster，那么 一般情况下不能直接SSH调用计算化学程序，必须使用排 队系统提交作业。这时候，需要对ABCluster的脚本做一 些改动。 • 本教程目标机器：Linux集群与Torque作业系统 计算机集群组建 • 如果读者试图自己组建集群，可以参见（老教程，写于 2011年）： /theochem-clusterbuilding-ZH.php 在Torque作业系统下运行串行 isomer+Gaussian B 的全局极小点，普通串行运行- 7 • 例子：有哪些信誉好的足球投注网站B 在B3LYP/6-31g(d)下的全局极小点- 7 b7.inp optfile b7                  # Result file name %nproc=16 B 7                 # Cluster file name %mem=20GB cube 3 3 2    # Structure types #N B3LYP/6‐31g(d) scf(xqc,novaracc)  30                # Maximal number of calculations opt(MaxCycles=100) xyz2gaussian optfile $inp$  $xxx$.gjf opt g09  $xxx$.gjf  $xxx$.log 2/dev/null gaussian2xyz $xxx$.log  $out$ ‐1 1 rm $xxx$.gjf $xxx$.log • 普通运行：nohupisomerb7.inpb7.out 作业系统 • 现在要在集群上使用ABClsuter，集群使用的是Torque作 业系统。假设你的Torque系统用于提交Gaussian作业的 脚本如下，提交的命令为:qsubsubmit.pbs #!/bin/bash submit.pbs #PBS ‐l nodes=1:ppn=32 #PBS ‐l walltime=48