SNP检测方法-讲课版1.pptVIP

  1. 1、本文档共30页,可阅读全部内容。
  2. 2、有哪些信誉好的足球投注网站(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
  3. 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载
  4. 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
  5. 5、该文档为VIP文档,如果想要下载,成为VIP会员后,下载免费。
  6. 6、成为VIP后,下载本文档将扣除1次下载权益。下载后,不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们
  7. 7、成为VIP后,您将拥有八大权益,权益包括:VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
  8. 8、VIP文档为合作方或网友上传,每下载1次, 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等,对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
SNPs的检测方法 唐敏 2005.8.12 主要内容 SNPs的定义 SNPs的研究意义 SNPs的研究进展和方向 SNPs的检测方法 SNPs的定义 定义:单核苷酸多态性 ( single nucleotide polymorphisms ,SNPs) 主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。 (99.9%) SNPs的研究意义 1. SNPs作为第三代遗传标记(已知性、可遗传性、可检测性),用于疾病基因的定位、克隆和鉴定。___路标的作用 传统研究策略(表征、蛋白、基因) 逆向遗传学(表型、基因、蛋白), 2.基因多态性研究 研究SNPs本身对机体的影响(生理特征、病理条件下的千差万别) SNPs研究进展和方向 1. SNPs数据库的构建发现 2. SNPs功能的研究(在1的基础上) SNPs检测方法 1.理想的检测SNPs的方法 ——发现未知的SNPs,或检测已知的SNPs (1) 灵敏度和准确度的要求(反应原理严紧) (2) 快速、简便、高通量 (操作和分析的自动化程度高) (3) 费用相对低廉 2.现状: 到现在还没有一个符合以上条件的理想方法出现,但根据实际情况,可以选择出较合适方法。 3.每种SNPs的检测方法都可将之看成由 区分SNPs特异位点的原理方法 和 数据的检测分析手段 两部分组成。 SNPs检测方法的分类 一、区分SNPs 位点的方法 1.基于杂交的方法 2.基于酶的方法 3.以构象为基础的方法 4.直接测序的方法 二、检测分析技术 1.凝胶分析技术 2.荧光检测技术 3. DNA 芯片 4.质谱检测技术 1.基于杂交的方法 原理: 短的核苷酸探针在和互补的目的片段进行杂交时,完全匹配和有错配两种情况下,根据杂交复合体稳定性的不同而将SNPs 位点检测出来。 (差异越大,检测的特异性就越好) 1)利用△Tm 固定温度 等位基因特异核苷酸探针 (Allele-specific oligonucleotide ,ASO) 。 修饰过的探针:引入一个错配的碱基、 PNA、 LNAs 等 动态的加热过程 ——动态等位基因特异杂交 (dynamic allele-specific hybridization, DASH) 核酸肽探针 (Peptide nucleic acids,PNA) 其骨架是肽键 特点: 1、与靶分子高特异性地结合(3个方面的影响) 2、链挤入 (形成三链复合结构)(表达调控以及反义治疗方面) 3、对核酸酶和蛋白酶均不敏感(体外应用) 1、与靶分子高特异性地结合 Tm值高 受盐浓度影响小(低盐浓度的体系) △Tm更大(一个PNA碱基的错配会使其Tm值降低8-20度) 所以,PNA/DNA的非特异结合能得到很好的排除。 LNA(locked nucleic acids) 其结构是在RNA分子的2′羟基和核糖环的4′碳原子间连入一个亚甲基的“桥”。 特点: 1.能以很高的亲和性和互补的DNA、RNA 或LNA 结合(构象更利于杂交的稳定) 2.匹配和不匹配的△Tm增加 DASH (dynamic allele-specific hybridization) 2)杂交+荧光共振 分子信标(双分子间杂交) 蝎状探针(分子内杂交) 分子信标(Molecular beacons) 蝎状探针 (Scorpion primer) 2.基于酶的方法 1)DNA聚合酶 2)连接酶 3)限制性内切酶 4)外切酶FEN 5)RNase H 1)DNA聚合酶 等位基因特异性PCR 多重等位基因特异性PCR Taqman法 引物延伸法 焦磷酸测序法 等位基因特异性PCR Taqman 法 微测序法/引物延伸法 基本步骤(液相) 1.设计PCR扩增含SNPs位点的一段DNA 2.对PCR产物进行纯化(去除引物和dNTP) 3.引物延伸 4.延伸产物检测( 放射性同位素标记法、发光检测法、凝胶为基础的荧光检测法、 质谱分析法、变性高压液相色谱法等) APEX (arrayed primer extension)——固相 焦磷酸测序法 (Pyrosequencing ) DNA 聚合酶、ATP 硫酸化酶(ATP sulfurylase) 、荧光素酶(luciferase) 和三磷酸腺苷双磷酸酶( apyrase) 。 原理:DNA 聚合酶在一种dNTP的存在下进行引物延伸反应,

文档评论(0)

mkt361 + 关注
实名认证
文档贡献者

该用户很懒,什么也没介绍

1亿VIP精品文档

相关文档