SPN及心脑血管疾病易感性.pptVIP

SNP在基因组内可以划分为两种形式: cSNP 经常引起表达蛋白的多态性变异, 有时会影响他们的功能特性。非同义突变(有氨基酸序列的改变)的频率, 比其他方式突变的频率低得多。 由于具有以上特点, SNP成为继RFLP (限制性片段长度多态性) , 微卫星(micro satellite) 多态标记后的第三代分子遗传标记。 用目前的方法每年可以检测出上千个基因中的SNP, 而其成本会随着技术和手段的不断成熟而大大降低,同时检出率也不断提高。 单核苷酸多态性与心脑血管疾病易感性 SNP及检测技术 SNP 的概念 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）同一物种不同个体基因组DNA的等位序列上单个核苷酸存在差别的现象。 它是人类可遗传变异中最常见的一种。 它由单碱基的转换, 颠换、 插入及缺失等变异引起 单核苷酸多态性在基因组中的位置和分类 一是遍布于基因组的大量单碱基变异; ?5’-端非编码区SNP 3’-端非编码区SNP 其他非编码区SNP 二是分布在基因编码区(coding region) , 称其 为cSNP，属功能性突变。 ?基因编码区SNPs（Coding-region SNPs，cSNPs） ?同义SNP：引起AA残基改变 ?非同义SNP SNP在基因组内的形式: SNP在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的： （1）非转录序列要多于转录序列 （2）在转录区非同义突变的频率, 比其他方式突变的频率低得多。 位于外显子区并改变氨基酸序列的SNP以及位于基因表达调控区的SNP可能具有重要临床意义和功能意义 SNP 的特点 在遗传学分析中, SNP 作为一类遗传标记得以广泛 应用, 主要源于这几个特点: （1）密度高　SNP在人类基因组的平均密度估计 为 1\1000 bp , 在整个基因组的分布达 3×106个, 遗传距离为 2～3cM , 密度比微卫星标记更高, 可以 在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系列标 记。 （2）富有代表性　某些位于基因内部的SNP 有可 能直接影响蛋白质结构或表达水平, 因此, 它们可能代 表疾病遗传机理中的某些作用因素。 SNP 的特点 （3）遗传稳定性 与微卫星等重复序列多态性标 记相比, SNP 具有更高的遗传稳定性。 （4）易实现分析的自动化　SNP标记在人群中 只有两种等位型(allele) 。这样在检测时只需一个 “ + \- ”或“全\无”的方式，而无须象检测限制性片 段长度多态性，微卫星那样对片段的长度作出测 量，这使得基于SNP的检测分析方法易实现自动 化。 检测SNP的常用技术 ?以凝胶电泳为基础的分析方法 ?以PCR( allele specific PCR, ASPCR )为基础的分析技术 ?以酶为基础的分析技术 ?以杂交为基础的分析技术 等位基因特异 PCR ( AS-PCR) 原理：根据 SNP位点设计特异引物,其中一条链(特 异链)的3′末端与 SNP位点的碱基互补(或相同) , 另一条链(普通链)按常规方法进行设计,因此,AS- PCR技术是一种基于SNP的PCR标记。因为特异引 物在一种基因型中有扩增产物,在另一种基因型中没 有扩增产物,用凝胶电泳就能够很容易地分辨出扩增 产物的有无,从而确定基因型的 SNP。 直接测序是最容易实施的SNP 检测方法。通过直接测序检测SNP 的基本原理是: 通过对不同个体同一基因或基因片段进行测序和序列比较, 以确定所研究的碱基是否变异, 其检出率可达100%。采用直接测序法, 还可以得到SNP 的类型及其准确位置等SNP 分型所需要的重要参数。随着DNA 测序自动化和测序成本的降低, 直接测序法将越来越多地用于SNP 的检测与分型。 直接测序法(direct sequencing) 心脑血管疾病易感性 易感性 易感性是指—由遗传基础所决定一个个体患病的风险。也可以理解为在相同环境下，不同个体患病的风险。 易感性完全由基因决定。在环境致病因子作用下的基因表达往往起着更重要的作用。因为即使基因型一致，基因表达还会受到甲基化、体细胞突变、X染色体的随机失活等影响。 心脑血管疾病 心脑血管疾病是全球范围严重威胁人类健康，造成人类死亡最主要的原因,包括动脉粥样硬化、冠心病、高血压、心衰和脑卒中等疾病。 心脑血管疾病发病过程是错综复杂的。 SNP 在肾素－ 血管紧张素－ 醛固酮( RAAS)