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系统进化树的构建方法与软件应用
;什么是系统进化树;直系同源和旁系同源;系统进化树的分类;有根树和无根树的进化层面上的意义;系统进化树的结构;系统进化树的结构;构建系统进化树的理论方法;构建系统进化树的理论方法;构建系统进化树的理论方法;构建系统进化树的所涉及的工具;构建系统进化树的所涉及的工具;构建系统进化树的所涉及的工具;构建NJ树,可以用PHYLIP或者MEGA
构建MP树,可以使用PHYLIP或者MEGA
构建ML树可以使用PHYML,速度快,同时构建ML树还可以用PHYLIP,或者可以使用BioEdit
贝叶斯的算法以MrBayes为代表,不过速度比较慢
关于系统发育分析的更多知识请参阅:
/biology/bioinfo2/78842.shtml;构建系统进化树的主要步骤;构建系统进化树的主要步骤;实例讲解; 构建我们自己的Fasta 文件;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;实例讲解;进化树评估优化方法简介:常用的两种方法就是Bootstrap和Jackknife。? ?? ???所谓Bootstraping法 就是从整个序列的碱基(氨基酸)中任意选取一半,剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样,一个序列就可以变成了许多序列,一个多序列组也就可以变 成许多个多序列组。根据某种算法(最大简约性法、最大可能性法、邻位相连法)每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比 较,按照多数规则(majority-rule)我们就会得到一个最“逼真”的进化树。其数值反应了该树枝的可信的百分比。 所谓Jackknife则是另外一种随机选取序列的方法。它与Bootstrap法的区别是不将剩下的一半序列补齐,只生成一个缩短了一半的新序列。
Double Check
通常情况下当我们用建树的一种方法获得了树图之后,我们建议大家可以通过另外的方法建树,如果先后的两个树图大体一致,我们认为之前构建的树是相对可靠的。;Thanks
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