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Escherichia coli O157:H7 str. EC4045相关基因的系统进化树构建
以 HYPERLINK /protein/ZP1 glutamate-ammonia ligase adenylyltransferase 为例
1、进入NCBI主页
2、选择Protien 数据库,输入有哪些信誉好的足球投注网站名称
3、在右侧的 HYPERLINK javascript:void(0) Top?Organisms? [ HYPERLINK javascript:void(0) Tree]下,选择其中一个种
4、点击进入第一条目,
5、点击send to 保存文件
6、回到NCBI,到Blast,页面
7、点击进入Protien Blast ,
8、将以上有哪些信誉好的足球投注网站的蛋白质序列输入到有哪些信誉好的足球投注网站框中,进行序列比对
9、在上图中选取10个与原蛋白序列相关性最强的蛋白,一一如上述方法保存,以便接下来进行系统进化树的构建。
10、将10个序列导入MEGA,得到
11、点击Alignment,
12、出现下图,点击OK
13、得到序列匹配后的,将其保存为“.meg”格式
14、
15、重新回到MEGA主页面,打开保存的格式文件
16、点击TA可看到
17、点击C可看到保守序列,V则是可变序列
18、回到主页面,点击Phylogeny
19、点击下图中Compute
20、得到系统进化树
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