大学生物遗传学：第11章动物基因组学(1).ppt

美国国家健康研究院NIH也于80年代初委托洛斯阿拉莫斯国家实验室建立GenBank，后移交给国家生物技术信息中心NCBI，隶属于NIH下设的国家医学图书馆。NCBI的网址是：。 基因和基因组数据库 2 DDBJ是DNA?Data?Base?of?Japan的简称，创建于1986年，由日本国家遗传学研究所负责管理。DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。 1988年，EMBL、GenBank?与DDBJ共同成立了国际核酸序列联合数据库中心，建立了合作关系。 基因和基因组数据库 3 蛋白质数据库 1 1. PIR和PSD PIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。PIR和PSD的网址是：/。 2. SWISS-PROT SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。SWISS-PROT的网址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。 3. PROSITE PROSITE数据库收集了生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。PROSITE的网址是：http://www.expasy.ch/prosite/。 4. PDB 蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，由美国Brookhaven国家实验室建立。 RCSB的PDB数据库网址是：/pdb/。 蛋白质数据库 2 功能数据库 1. KEGG 京都基因和基因组百科全书(KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。http://www.genome.ad.jp/kegg/。 2. DIP 相互作用的蛋白质数据库(DIP)收集了由实验验证的蛋白质－蛋白质相互作用。/。 3. ASDB 可变剪接数据库(ASDB)包括蛋白质库和核酸库两部分。ASDB的网址是：/asdb。 4. TRRD 转录调控区数据库(TRRD)是在不断积累的真核生物基因调控区结构－功能特性信息基础上构建的。http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/。 5. TRANSFAC TRANSFAC数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合的profiles的数据库。 http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/。 常用操作举例 基因组序列信息分析 序列比对和数据库有哪些信誉好的足球投注网站（BLAST） 核酸与蛋白质结构和功能的预测分析 蛋白质的三维结构预测 分子进化分析（序列进化树） 功能基因组相关信息分析 第四节 表观遗传学 （Epigenetics） 在基因组中除了DNA和RNA序列以外，还有许多调控基因的信息，它们虽然本身不改变基因的序列，但是可以通过基因修饰，蛋白质与蛋白质、DNA和其它分子的相互作用，而影响和调节遗传的基因的功能和特性，并且通过细胞分裂和增殖周期影响遗传的一门新兴学科。因此表观遗传学又称为实验遗传学、化学遗传学、特异性遗传学、后遗传学、表遗传学和基因外调节系统，它是生命科学中一个普遍而又十分重要的新的研究领域。 什么是表观遗传学 表观遗传学(epigenetics)则是指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化,如DNA甲基化和染色质构象变化等。 表观基因组学(epigenomics)则是在基因组水平上对表观遗传学改变的研究。 表观遗传学与表观基因组学 表观遗传学的分子机制 1、DNA甲基化； 2、 RNA干扰； 3、组蛋白修饰； 4、染色质改型； DNA 甲基化：ＤＮＡ的甲基化是生物关闭基因表达的一种有效手段，也是印迹遗传的主要机制之一；基因的去甲基化可能使得印迹丢失，基因过度表达，甚至引起肿瘤或癌症的发生，如促肿瘤生长因子IGF2基因过度表达引发大肠癌。 DNA甲基化 RNA干扰(RNA interference，RNAi)是正常生物体内抑制特定基因表达的一种现象，它是指当细胞中导入与内源性mRNA编码区同源的双链RNA(double stranded RNA，dsRNA)时，该mRNA发生降解而导致基因表达沉默的现象，这种现象发生在转录后水平，又称为转录后基因沉默。 RNA干扰 RNA干扰的作用机制 长片段dsRNA在细胞内被Ⅲ型RNA酶Dicer切成长度大约为19-23nt的小片段干扰 RNA (small interfering RNA，siRNA)，由siRNA参与构成复合物RIS