基因芯片数据库GEO与ArrayExpress的使用及比较分析.docx

文章编号： 1005-8982（2014）12-0038-05·综述·基因芯片数据库 GEO 文章编号： 1005-8982（2014）12-0038-05 ·综述· 基因芯片数据库 GEO 与 ArrayExpress 的使用及比较分析 周大琼 1，曹继华 1，任力锋 2 综述 张阳德 1 审校 （1.中南大学湘雅医院肝胆肠外科研究中心，湖南 长沙 410008； 2.中南大学生物医学工程研究院，湖南 长沙 410008） 摘要：本文比较了两种常用综合基因芯片数据库 GEO 与 ArrayExpress 的使用。从数据库概念与结构、检 索、上传与下载方法及数据分析方式等几个方面进行比较分析。两个数据库均分为原始数据库与集成数据库两 部分，GEO 的原始数据又分别放置于平台、样本和系列中；检索结果内容有很大的相似性；但 ArrayExpress 同时 引用了 GEO 中的数据；数据上传需要运用数据库自带的上传工具；数据下载可直接在线进行；两个数据库均 带有分析工具。两个数据库各有特点，使用者可根据研究需要和自身喜好进行选择或综合利用。 关键词：GEO；ArrayExpress；使用；比较 中图分类号：R-1 文献标识码：A Usage and comparative analysis of GEO and Arrayexpress Microarray Database ZHOU Da-qiong1, CAO Ji-hua1, Ren Li-feng2, ZHANG Yang-de1 (1. National Hepatobiliary and Enteric Surgery Research Center, Central South University, Changsha, Hunan 410008, P.R.China; 2. Institute of Biomedical Engineering, Central South University, Changsha, Hunan 410008, P.R.China) Abstract: This paper compares the two kinds of commonly used gene chip databases GEO and Arrayexpress. And do a comparative analysis from several aspects, such as concept and structure of the database, retrieve, upload and download method,data analysis methods and so on. This two databases are both divided into two parts, the origi－ nal database and integrated database. The original data of GEO are placed in platform, samples and series respec－ tively. There are great similarities in content retrieval results. At the same time, Arrayexpress references the data in the GEO. An upload tool will be used when upload data, but the data download directly online, and they both have analysis tools. These two databases have different features, the choice of database is dictated by our special needs. Key words: GEO; Arrayexpress; usage; comparison 随着基因芯片技术的应用，产生了大量的实验 数据，仅凭借实验的方法发现及分析数据已远远不 能满足科研的需求，科研人员急需一个集成数据库， 储存、处理、整合多组数据，以便检索、分析及下载。 20 世纪 90 年代，SCHENA [1-2]、LOCKHART[3] 等分别 发表利用 cDNA 芯片研究拟南芥基因表达、高通量 oligo 表达谱芯片的文章标志着基因芯片数据研究 的开始。近年来，伴随着大肠杆菌[4]、酵母[5]、果蝇[6]、 小鼠[7]、拟南芥[8]等模式生物基因组序列数据的公布 以及人类基因组计划的完成[9-10]