用户登录和作业提交规范流程.pdf

用户登录和作业提交规范流程 一、登录 通过ssh 远程登录到超级计算中心ln01 节点 （6 ）  如果本地操作系统为Linux 系统，可直接远程连接并输入用户名及密码登录： $ ssh 用户名@6  其他操作系统请先安装ssh 登录软件，如 Putty （.uk/~sgtatham/putty/ ） 免费版Xshell （/xshell_download.html） Bitvise SSH MobaXterm DameWare SSH SmarTTY Cygwin 等。 若需传输较多文件，建议使用免费版Xshell 。 示例1：利用PuTTY 登录ln01 节点，步骤如下： 首先运行PuTTY 程序，进行登录设置 点击Open 按钮，第一次登录会弹出如下对话框，选择是 输入用户名后点击回车按钮 输入密码（注意此处敲入的密码自动隐藏，请正确输入密码后点击回车按钮） 登录成功 示例2：利用Xshell 登录ln01 节点，步骤如下： 运行Xshell 程序，点击New 按钮新建会话，进行登录设置 点击OK 按钮后，新建会话成功；在会话列表点击对应会话，并连接 输入用户名，可根据需要选择是否记住用户名（需重复登录可勾选；公用电脑请勿勾选） 输入密码，可根据需要选择是否记住密码（需重复登录可勾选；公用电脑请勿勾选） 登录成功 二、修改密码 用户登录成功后，可使用passwd 命令修改密码。建议用户修改初始密码，保证账号安全。 注意：密码应具有一定复杂性，如同时包含数字、字母和特殊符号等，否则易造成密码修 改失败。 $ passwd 修改密码需同时输入原密码和新密码并确认新密码；返回如下提示表示密码修改成功。 有如下提示，则表示密码修改失败 三、文件上传和下载  Linux 系统中，将文件从本地复制到远程的命令如下 $ scp local_file remote_username@remote_ip:remote_folder  其他系统利用Xftp 软件进行文件上传和下载 用Xshell 连接登录后，点击New File Transfer 按钮建立Xftp 连接 在要进行传输的文件名处点击右键即可进行文件的上传或下载 四、作业提交流程 1、编写作业提交脚本文件，详见集群作业调度软件使用培训。 示例： ###PBS 脚本声明部分：——作业申请的计算资源 #!/bin/bash \\让pbs 脚本识别bash 命令 #PBS -N test_vasp \\设定提交作业的名称，方便区别不同的作业 #PBS -l nodes=2:ppn=3 \\ 申请使用2 个节点，每个节点3 个核心 #PBS -q cu \\指明作业队列，集群作业队列为cu、fat 、mic、gpu ###环境变量部分：——作业需要使用到的包库等 ### intel \\intel 包环境变量生效，可根据需要填写 source /opt/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.sh intel64 source /opt/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh source /opt/intel/impi/44/bin64/mpivars.sh ###可执行程序部分：——作业具体要运行的命令、程序等，下面以vasp 软件为例 cd $PBS_O_WORKDIR \\进入目标文件夹 nprocs=`wc -l $PBS_NODEFILE` \\将并行的总核数赋值给nprocs，方便下面命令使用 exec=/opt/soft/vasp/vasp \\定义可执行程序的路径 mpirun -genv I_MPI_DEVICE rdma -machinefile $PBS_NODEFILE -np $nprocs $exec 2、提交作业 $ qsub 脚本文件名 \\相应会返回一个作业号 3、作业状态查看 $ qstat \\查看作业运行状态，R 为正在运行，Q 为排队，C 为已完成，E 为运算有问题。 4、删除作业 $ qdel 作业号