高通量转录组测序的数据分析与基因发掘.doc

江西科学第 30 卷 第 5 期2012 年 10 月Vol． 江 西 科 学 第 30 卷 第 5 期 2012 年 10 月 Vol． 30 No． 5 JIANGXI SCIENCE Oct． 2012 文章编号: 1001 － 3679( 2012) 05 － 0607 － 05 高通量转录组测序的数据分析与基因发掘 华1 ，张 新2 ，刘腾云1 ，余发新1* 周 ( 1． 江西省科学院生物资源研究所，江西省观赏植物遗传改良重点实验室，江西 南昌 330029; 2． 南京市林业站，江苏 南京 210036) 摘要: 高通量转录组测序( RNA-seq) 是在转录组水平上进行深度测序的一项技术，为真核生物转录组学的研 究开创了新平台，但同时测序所得到的海量数据的生物信息学分析成为科研工作者的一大挑战。对转录组测 序技术进行了阐述，重点介绍了转录组测序后的数据分析，以及在真核生物尤其是非模式物种中的基因发掘 方法。 关键词: 转录组测序; 数据分析; 基因发掘 中图分类号: Q987 文献标识码: A Data Processing and Gene Discovery of High-throughput Transcriptome Sequencing ZHOU Hua1 ，ZHANG Xin2 ，LIU Teng-yun1 ，YU Fa-xin1* ( 1． The Biology Institute，Jiangxi Academy of Sciences， Horticultural Plant Genetic Improvement Key Lab，Jiangxi Nanchang 330029 PRC; 2． Nanjing Forestry Bureau，Jiangsu Nanjing 210036 PRC) Abstract: High-throughput transcriptome sequencing ( RNA-seq) is a recently developed approach to transcriptome profiling that uses deep-sequencing technologies． It provided a novel platform for eu- karyotic transcripome researches，but the bioinformatics analysis of sequencing data became the chal- lenge of scientific worker． In this review，we described the researches process of high-throughput transcriptome sequencing technology，focusing on sequencing data analysis and gene discovery of dif- ferent species，especially of non-model species． Key words: Transcriptome sequencing，Data processing，Gene discovery screening) 、cDNA 代表差异分析( representative di- fference analysis、RDA) 以及 mRNA 差异显示( dif- ferential display) 、表 达 序 列 标 签 ( EST) 等 技 术 已 被广泛用于鉴定和克隆差异表达的基因，但是这 些技术不能胜任对大量的植物基因进行全面、系 统的分析，也不能对细胞内基因表达进行准确的定 0 前言 转录组研究是一个发掘功 能基因的重要途 径，是基因功能及结构研究的基础和出发点。转 录组学相对于基因组学而言，只研究被转录的基 因，研究范围缩小，针对性更强。经典的减法杂交 ( subtractive hybridization ) 、差 示 筛 选 ( differential 量研究。于 是，cDNA 微 阵 列 ( cDNA microarray) 、 收稿日期: 2012 － 09 － 11; 修订日期: 2012 － 10 － 12 作者简介: 周 华( 1980 － ) ，女，江西吉安人，在读博士生，助理研究员，主要研究方向: 园林植物遗传育种。 * 通讯作者: 余发新( 1968 － ) ，男，江西九江人，博士，研究员，主要研究方向: 林木遗传育种。E-mail: fxyu2000@ 126． com。 DNA 芯片(