单晶结构解析.ppt

所属空间群的对称操作 SYMM 衍射数据收集的温度 TEMP 含 义 指 令 晶胞中分子个数和晶胞参数的标准偏差 ZERR 指定所用权重 WGHT 晶胞中每种原子的总个数 UNIT 样品的编号（或名称）和空间群 TITL 如果在精修过程中，U值急剧增大，说明该原子并非存在 如果U偏大，该位置可能是一个更轻的原子 如果U偏小，则可能是一个更重的原子 还要注意残余峰的大小，如果其大于1就应考虑是不是还有未发现的非氢原子 在Edit.ins文件中加ANIS指令,用XL进行,这样可更确切地表达电子云的真实分布情况，所以R1值会明显下降 B 对所有的非氢原子进行各向异性精修 可用Flack参数（cif文件中）来确定绝对结构 其值接近于0，且标准偏差很小(大于0.3表示没有足够强的反常散射能力,绝对构型不能确定)时，表示正确；如果等于或非常接近于1，且标准偏差很小，则表示此绝对结构是错误的，其倒反结构 才是正确的 。方法是： 在ins文件中加入指令“MOVE 1 1 1 -1”，再精修 对于非中心对称的空间群 例外的7个极性空间群的反转指令： Fdd2 move 0.25 0.25 1 –1 I41 move 1 0.5 1 –1 I4122 move 1 0.5 0.25 –1 I41md move 1 0.5 1 –1 I41cd move 1 0.5 1 –1 I-42d move 1 0.5 0.25 –1 I4132 move 0.25 0.25 0.25 –1 对于具有确定立体结构的有机基团，可采用理论加氢；对于无法理论加氢的，如水分子，可从差值Fourier图中找出氢原子，参加精修的情况视 数据的质量而定 计算/指认并精修氢原子 理论加氢的方法 HFIX mn 需加氢原子名（产生AFIX固定） m 是一或两位数，指定氢的类型： =1 叔-H， =2 仲-H， =3（或13） 伯-H， =4 芳-H， =8（或14） X-O-H， =9 X=CH2或X-NH2， =15 笼状B-H n 是一位数，指定固定的类型： =1 坐标、占有率、位移因子固定， =2 占有率、位移因子固定， =3（或7） 坐标固定， =4 同3，但允许修正X-H的键长（方向固定） 进行XL精修,然后检查H加的是否合理，如不合理，修改不合理的部分，再用XL继续精修 2. CIF文件 上世纪90年代初，为了方便晶体常数通过计算机和网络传输和存取，国际晶体学会建立了一套晶体学信息文件（crystallographic information file，简称cif）标准 *CIF格式简介： cif为ASCII码文件，只允许使用普通键盘上的字符 其它字符必须用特定的代码表示，每行要小于80字符 不需使用斜体、粗体、下划线等，如果需要，它能自动识别转换，如空间群等 指定单位的数据，不需加单位 WORD等文字处理软件的文件须存为纯文体文件 cif文件的术语： text string 数据串，由空格、引号或分号为起止符 data name 数据串名称，以下划线“_”开头 data item 数据项，不以“_”开头、紧接名称的数据串 data loop 数据环，若干数据名称，前冠以“loop _”, 后跟多行的数据表 data block 数据块，数据名称、项(也可为环)的集合 cif格式的性质： A. 在数据环中，名称及项的次序并不重要，块亦然 B. 每个数据名称必跟数据项，如没有应加“ ？” C. 在CIF中，可增加一些需要的数据，书写格式为： 由空格限定的数据串中间不能有空格。如： _diffrn_ambient_temperature 293 (2) _diffrn_radiation_wavelength 0.71073 _diffrn_radiation_type MoK\a 由单引号限定的数据串中可有空格，但不能超过一行 _computing_structure_solution SHELXS-97 (Sheldrick, 1990) _computing_structure_refinement SHELXL-97 (Shel