宏转录组新版结题报告.pdf

诺禾致源宏转录组报告 北京诺禾致源生物信息科技有限公司 目 录 1 概述1 2 项目流程2 2.1实验上机流程2 2.1.1 TotalRNA样品检测3 2.1.2 文库构建及库检3 2.1.3 上机测序4 2.2信息分析流程4 3 分析及结果6 3.1 数据预处理6 3.2 Denovo组装7 3.3 物种注释8 3.4 功能注释9 3.4.1 eggNOG/COG注释10 3.4.2 KEGG注释11 3.4.3 CAZ 注释12 3.5基因表达水平分析13 3.5.1参考序列比对13 3.5.2基因表达水平统计表14 3.5.3 基因表达差异分析15 3.5.4 GO 15 差异基因 富集分析 3.5.5差异基因KEGG富集分析17 3.6 多样品之间的比较分析19 3.6.1 多样品间eggNOG/KEGG/CaZ 功能比较20 3.6.2 多样品间功能聚类21 I 3.6.3 多样品间功能的PCoA分析25 4 参考资料27 II 1 概述 在地球生物圈中，微生物扮演着极为重要的角色，它们的活动影响着自然环境的营养 循环，土壤肥力，有机质的分解，以及物种与能量之间的交换。人类对微生物的研究从Antoni vanLeeuwenhoek发明显微镜开始的数百年中，主要基于纯培养的研究方式，而在数以万 亿计的微生物种类中，仅0.1%~1%的物种可培养，极大地限制了对微生物多样性资源的研 究和开发。 宏转录组学(Metatranscriptomics)兴起于宏基因组之后，从整体水平上研究某一特定环 境，特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律，它以生态环境中的全部 RNA为研究对象，避开了微生物分离培养困难的问题，能有效的扩展微生物资源的利用空 2006 Leiniger 454 间。 年， 等首次使用 测序技术对一个复杂微生物群落的宏转录组进行研 究。与宏基因组学相比较，宏转录组学能从转录水平研究复杂微生物群落变化，能更好的 挖掘潜在的新基因。 近年来，随着测序技术和信息技术的快速发展，利用新一代测序技术(NextGeneration Sequencing)研究宏转录组，能快速准确的得到大量生物数据和丰富的微生物研究信息，从 而成为研究微生物多样性和群落特征的重要手段。如致力于研究微生物与人类疾病健康关 系的人体微生物组计划(HMP,HumanMicrobiomeProject,/)，研究 全球微生物组成和分布的全球微生物组计划(EMP,EarthMicrobiomeProject, /)都主要利用高通量测序技术进行研究。 1 2 项目流程 2.1实验上机流程 从环境 （如土壤、海洋、淡水、肠道等）中采集实验样品，进行必要的处理后，将样 品以适当形式（如原始采样样品、已提取的RNA样品等）送往我公司。我公司将对接收 到的样品进行必要的预实验处理，执行严格的样品质控。 检测合格的样品，经过片段筛选、建库并做相应的实验检测。检测合格的文库将采用 IlluminaHiseq高通量测序平台进行测序，测序得到的下机数据(RawData)将用于后期信息 分析。 1 图 宏转录组样品的实验上机流程 2 2.1.1 TotalR