vector nti 11 使用教程 第十三章_蛋白质结构.pdfVIP

第十三章 蛋白质结构 第十三章 蛋白质结构 在进行蛋白质结构分析之前，用户首先要准备具有蛋白质结构的档案。蛋白 质结构的档案可以在/pdb/home/home.do 之中寻找，找到欲分析的结 构后即可直接下载。下载的结构档案称之为PDB 檔，除了NTI 之外也可以用其 他的软件进行观察。 NOTE ：Vector NTI 无法进行未知蛋白质结构的仿真，若要进行结构仿真必须使 用其他软件。 在档案下载回来后请确认扩展名是否为.pdb，如果不是请将扩展名更改 为.pdb。只要扩展名的名称正确就可以直接点选开启，也可以从Vector NTI 的程 序中选择3D Molecule Viewer( 图13.1)： 图13.1 利用程序集内的3D Molecule Viewer 仿真蛋白质结构 开启以后再选择 或者是File→Open 打开档案( 图13.2)： 图13.2 选择PDB 的档案，开启蛋白质序列 129 Vector NTI 教育训练手册 打开档案后就可以看到一个蛋白质结构的图案( 图13.3)： 图13.3 右边的窗口为蛋白质的结构，下方则是此蛋白质的序列 在这个程序中的下方窗口为蛋白序列；左边中间的窗口是整个蛋白质结构的 组成信息；左上方窗口为该结构的文件名。使用者可以从上方 这三 个按钮来决定是否显示这些数据。使用者可以进行翻转、移动及缩放蛋白质结构 图形：只要按住键盘Shift 键跟鼠标左键就可以将结构翻转；按住键盘Ctrl 键跟 鼠标左键拖曳就可以将结构移动；按住键盘Shift 键、Ctrl 键跟鼠标左键拖曳图 形就可以将结构缩放。结构的图片可以利用 作输出。图形的操作结果可以用 或者是File→Save Project 储存。 PDB 档案打开来以后所呈现的图形都是未经过整理的，想要呈现较美观的 图形必需将图形简化和改变显示方式。首先用户可以先把显示原子的图形先关 闭，只留下骨干的架构( 图13.4)。使用者可以在右上方的工具栏中点选 或者 130 第十三章 蛋白质结构 从View→Hide→All atoms 将显示原子图形的功能给关闭： 图13.4 蛋白质的骨干架构 用户可以看到图形只剩下骨干的构造，变得很单纯。接着可以调整骨干的显 示方式( 图13.5)，只要在图片上面点选鼠标右键后，点选Backbone 后使用者就 可以看到各种的显示方式： 图13.5 对单纯的骨架结构，进行各种的显示设置 131 Vector NTI 教育训练手册 使用者可以根据自己的喜好选择骨干表示的方式( 图13.6)： 图13.6 让蛋白质结构以另一种形体呈现 如此一来就可以显示出比较容易观察的结构图形。 调整结构颜色：用户可以在图片上面点选鼠标右键选择Colors Scheme 或者 从上方View→Colors Scheme 中可以选择不同的颜色显示方式( 图13.7) 图13.7 对结构加入不同颜色的显示 132 第十三章 蛋白质结构 选择不同的上色方式后程序会自动帮用户把颜色作调整，例如点选 Structure( 图13.8)： 图13.8 对蛋白质不同的结构做不同的配色 这时