基因芯片及其应用.ppt

相当有用的一个芯片处理系统 http://gepas3.bioinfo.cipf.es/ 利用已知路径分析芯片数据 GO（）采用阶层系统对基因进行分类，将功能一致的基因放在同一层 KEGG（http://www.genome.jp/kegg/）建立了蛋白间相互作用的网络（途径和复合体），包含各种各样的细胞过程。 GenMAPP（）提供了与AC号相对应的途径图 BIOCARTA（/gene/）是一个动态显示基因间的相互作用。 常用的公共数据库 PathwayExplorer GenMAPP 芯片数据的验证 Real-time PCR 其他一些生化实验 对于原核生物，还可以参考同一个操纵子基因的变化情况 same operon multi - subunit complex 常见的芯片数据库 GEO at the NCBI Array Express at EMBL 浙江加州国际纳米技术研究院-分子诊断平台  基因治疗载体的构建； HIV，XMRV病毒的致病机理研究 分子诊断平台(PI: Samson A Chow) Agilent 扫描仪 点样仪，生物分析仪 SNP检测服务 基因表达谱检测 病原体检测芯片 遗传病、 家族病 基因定位 基因芯片平台 病毒分析平台 affymetrix平台 易感基因 检测如： 高血压 冠心病 发病机理 研究病原体 与宿主相 互关系 微生物检测 （食品、 卫生 环境） 药物靶点 寻找肿瘤 标志物早期 诊断依据 个性化用 药药物敏 感性 HIV XMRV HIV致病机制研究 基因治疗载体构建 XMRV致病机制研究 易感人群的 鉴定 病毒倾向性 整合宿主 基因组位点 的鉴定 基因转导 工具发明 图像扫描 Cy5 Cy3 D.radiodurans 全基因组芯片 D.radiodurans whole genome microarray 建议 1、如可取小量修饰好的玻片进行点样并测试整个后处理和杂交过程。 2、一旦玻片点样后，应对小量点样玻片进行后处理，后处理是否成功可用已知应产生良好结果的 RNA制备的探针进行测试来判定。 3、所有阵列在杂交前应扫描一次，弃去那些有明显污点的玻片，并弃去那些杂交前背景就高的阵列。 简单的数据分析主要步骤 数值提取 归一化 差异基因筛选 数据读取（Genepix Pro） 数据框获取： 1、人工获取； 2、Gal文件获取 Flag=-50 Flag=-100 Genepix Pro一些直观数据 背景数据的获取 局部法 全局法 the global background values are either calculated from a mean or median of all local values 阴性对照法 Negative controls are features that are known not to be reactive, so that they can relied upon always to give the same intensity values independent of the experiment 2个像素 其他的信号点 背景取值区 This region has a diameter that is three times the diameter of the corresponding feature-indicator 芯片背景 为什么要归一化？ 由于样本差异、荧光标记效率和检出率的不平衡，需对cy3和cy5的原始提取信号进行均衡和修正才能进一步分析实验数据，Normalization正是基于此种目的。 归一化的方法 一组内参照基因（如一组看家基因,外参基因）校正Microarray所有的基因、阳性基因、阴性基因、单个基因。 Lowess Lowess A=1/2Log2RG M=Log2R/G 归一化的类型 With-in slide normalization globe normalization print-tip normalization Between slides normalization Globe normalization Print-tip normalization Between slides normalization 差异基因筛选 原理：采用cy3/cy5的ratio值对差异基因进行 判断，或采用统计方法对差异基因进行统计推断。 方法：倍数法：cy3/cy5比值大于2或者小于 0.5 Z值法： Z=