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引物设计有3条基本原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。? 具体实现这3条基本原则需要考虑到诸多因素，如引物长度（primer length），产物长度? （product length），序列Tm值(melting temperature)，引物与模板形成双链的内部稳定性(internal stability, 用G值反映)，形成引物二聚体(primer dimer)及发夹结构（duplex formation and hairpin）的能值，在错配位点（false priming
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