GPGPU加速生物序列比对研究进展-生物信息学.PDF

１１ ２ Ｖｏｌ．１１Ｎｏ．２ ２０１３ ６ 　　　　　　　　　　ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｒｎａｌｏｆＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｊｕｎ．，２０１３ ｄｏｉ：１０３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２－５５６５．２０１３．０２．０７ ＧＰＧＰＵ  ， ， ， ， 　 （ ， ， ７３００３０） 　 ： 。 ， ＧＰＧＰＵ 。 ＧＰＧＰＵ ， ＧＰＧＰＵ ， ＧＰＧＰＵ ， ＧＰＧＰＵ ， 。 ：ＧＰＧＰＵ； ； ：Ｑ５２６Ｏ６４１　　 ：Ａ　　 ：１６７２－５５６５（２０１３）－０２－１１５－０５ ＲｅｓｅａｒｃｈｐｒｏｇｒｅｓｓｏｆＧＰＧＰＵａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ＳＨＥＮＹｕｌｉｎ，ＪＩＮＮｅｎｇｚｈｉ，ＳＵＮＹｉｔｏｎｇ，ＺＨＥＪｉａｎｗｕ，ＭＡＹａｏ （ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＣｌｏｕｄＣｏｍｐｕｔｉｎｇｏｆＧａｎｓｕＰｒｏｖｉｎｃｅ，ＧａｎｓｕＣｏｍｐｕｔｉｎｇＣｅｎｔｅｒ，Ｌａｎｚｈｏｕ７３００３０，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｉｓｏｎｅｏｆｔｈｅｍｏｓｔｃｏｍｍｏｎｌｙｕｓｅｄａｎｄｔｈｅｍｏｓｔｃｌａｓｓｉｃｍｅｔｈｏｄｉｎｂｉｏｉｎｆｏｒ ｍａｔｉｃｓｓｔｕｄｙ．Ｉｔｒｅｑｕｉｒｅｓｈａｒｄｗａｒｅｓｕｐｐｏｒｔｔｈａｔｈａｓｐｏｗｅｒｆｕｌｃｏｍｐｕｔｉｎｇｃａｐａｂｉｌｉｔｙ，ｗｈｉｌｅｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆＧＰＧ ＰＵｍａｙｂｅｗｏｒｔｈｙｏｆｔｈｉｓｔａｓｋ．ＴｈｉｓｐａｐｅｒｆｉｒｓｔｉｎｔｒｏｄｕｃｅｓｔｈｅＧＰＧＰＵｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｐｒｏｃｅｓｓ，ａｎｄｔｈｅｎｄｅｓｃｒｉｂｅｓｔｈｅ ＧＰＧＰＵｈａｒｄｗａｒｅｄｅｖｉｃｅａｎｄｒｅｌａｔｅｄｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ，ｐｒｅｓｅｎｔｓｍａｔｈｌｉｂｒａｒｙｆｕｎｃｔｉｏｎｔｈａｔｉｓｎｅｅｄｅｄｉｎｓｃｉ ｅｎｔｉｆｉｃｃｏｍｐｕｔｉｎｇｏｎＧＰＧＰＵ，ｆｉｎａｌｌｙ，ｄｉｓｃｕｓｓｅｓｔｈｅｓｏｆｔｗａｒｅａｎｄｒｅｓｅａｒｃｈｗｏｒｋｏｆｕｓｉｎｇｔｈｅＧＰＧＰＵ－ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔａｔｈｏｍｅａｎｄａｂｒｏａｄｉｎｒｅｃｅｎｔｙｅａｒｓ．Ｆｕｒｔｈｅｒｍｏｒｅ，ｗｅｗｉｌｌｓｕｍｍａｒｉｚｅｔｈｅｒｅｃｅｎｔ ｗｏｒｋｓａｎｄｌｏｏｋｉｎｔｏｔｈｅｂｒｉｌｌｉａｎｔｐｒｏｓｐｅｃｔｓｏｆＧＰＧＰＵ－ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔ．