用Polyphen2和SIFT进行突变预测.ppt

用Polyphen2和SIFT进行突变/SNP功能预测 三个网址 Polyphen2： /pph2/ SIFT： / 以上两个在线应用的软件，主要对SNP以及点突变进行功能预测，但预测限于错义突变，其他无义突变（突变为终止密码）、碱基缺失、插入所造成的框移突变，以及起始密码子的突变均不可以预测！ Uniport database： / 这个网址用于查找蛋白质序列和获取FASTA格式 数据准备 两个网站均为在线提交数据，提交的数据文件格式可有以下两种： 第一种为蛋白质的氨基酸序列，按照FASTA格式编写 第二种为蛋白质在Uniport database中的ID 获取蛋白质序列或ID 可以在NCBI中查找，也可以直接在Uniport database中查找 查询结果 仔细核对以上数据，ID就是所在polyphen2中需要号码，以human DAX-1为例，ID为P51843 点击所需要的蛋白质ID链接，在出现的页面中可以详细查看DAX-1的信息，再次核对是否正确，注意右上角的几列标签，如图 Polyphen2应用 进入网站：/pph2/ 运行画面 结果 练习 小常所发现的SF-1基因一处SNP：G146A，请用Polyphen2 进行预测，蛋白质功能是否受到影响？ 最后结果 SIFT 进入网站：/ 在single protein tools中找到SIFT sequence，点击打开进入数据提交新页面 SIFT预测AR S578N功能变化 在Uniport中有哪些信誉好的足球投注网站Androgen Receptor，下载FASTA数据，如下图为浏览器打开后的结果 OK！ 现在大家可以泡杯咖啡或茶，聊聊天，过个5-10分钟就可以出结果，一般不超过20分钟，如果出错，会有错误信息提示给你。如果你填好了邮箱，也可以不必等，过一会收邮件就可以。 结果会有一堆英文，看了头痛，直接找到Scaled Probabilities for Entire Protein和Predictions of substitutions entered两处链接，分别点击进去。 Scaled Probabilities for Entire Protein给出了所提交氨基酸每个位点发生突变后的计算分数，只要分数小于0.05就认为可能影响到蛋白质功能 而Predictions of substitutions entered直接给出预测答案 Scaled Probabilities for Entire Protein结果图示 Predictions of substitutions entered结果 就简单介绍到这，谢谢大家耐心看完 有什么问题的话可以发邮件给我交流 拜拜，我睡觉了…… 下面还有哦 * * 此处填写蛋白质名称 ID 蛋白质名称 种属 点击，获取FASTA格式数据，此数据可能会被下载，下载后可以用记事本程序打开，或者有时会在浏览器中直接打开，可以将其中数据全部复制备用，下方即是打开的FASTA数据，最上面是蛋白质的信息（含ID、名称、种属），下方是氨基酸序列 sp|P51843|NR0B1_HUMAN Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1 OS=Homo sapiens GN=NR0B1 PE=1 SV=2 MAGENHQWQGSILYNMLMSAKQTRAAPEAPETRLVDQCWGCSCGDEPGVGREGLLGGRNV ALLYRCCFCGKDHPRQGSILYSMLTSAKQTYAAPKAPEATLGPCWGCSCGSDPGVGRAGL PGGRPVALLYRCCFCGEDHPRQGSILYSLLTSSKQTHVAPAAPEARPGGAWWDRSYFAQR PGGKEALPGGRATALLYRCCFCGEDHPQQGSTLYCVPTSTNQAQAAPEERPRAPWWDTSS GALRPVALKSPQVVCEAASAGLLKTLRFVKYLPCFQVLPLDQQLVLVRNCWASLLMLELA QDRLQFETVEVSEPSMLQKILTTRRRETGGNEPLPVPTLQHHLAPPAEARKVPSASQVQA IKCFLSKCWSLNISTKEYAYLKGTVLFNPDVPGLQCVKYIQGLQWGTQQILSEHTRMTHQ GPHDRFIELNSTLFLLRFINANVIAELFFRPIIGTVSMDDMMLEMLCTKI 成都家教，成都家教网 在这里以我们以前发现的DAX-1 L262P这个突变举例，在红框出填入已经查到的ID，下方FASTA数据可以不用输；绿框中输入突变氨基酸位置；在AA1中选择L，AA2中选择突变后的P，最后点Submit 每隔5-10秒点refresh刷新页