第10章微生物的分类.ppt

第十章 微生物的分类和鉴定;微生物分类学（microbial taxonomy） 是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群（taxon）的科学 它的具体任务有三即 分类（classification） 鉴定（identification） 命名（nomenclature）;生物分类的二种基本原则：;章节内容;命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称；;一、分类单元及其等级;常用的细菌分类学术语：;3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以??为新的亚种时，可以细分为不同的型。;4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元;二、微生物的命名;例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌） 　　Escherichia coli（Migula）Castellani et Chalmers 1919 例2：枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌） 　　Bacillus subtilis（Ehrenberg）Cohn 1872 ;由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”;第二节 微生物在生物界的地位;二、三域学说及其发展;选用16SrRNA进行研究的主要原因是： 16SrRNA普遍存在于原核生物和真核生物细胞中，故可用以比较它们在进化上的相互联系； 16SrRNA有重要且恒定的生理功能； 在细胞中含有较大量的易于提取的rRNA； rRNA的基因在细胞中不像质粒DNA那样会转移，而是稳定的；;5. 16SrRNA分子中的某些碱基顺序非常保守，以致在30多亿年的进化中仍保持着原初的状态，而不像另一些顺序那样变化很大，因此可用作探索自古至今生物的主要进化历程； 6. 16SrRNA的分子量适中，在核糖体所含的三种rRNA中，其核苷酸数分别约为2900、1540和120个，其中的16SrRNA不但核苷酸数适中，而且信息量较大且易于分析，故是理想的研究材料。;三、rRNA和系统发育树;2. 特征序列或序列印记（signature sequence）;3. 系统发育树(phylogenetic tree);1）生命的第三种形式——古生菌;2）建立16 S r RNA系统发育树的意义;不可培养微生物（uncultured microorganisms）;3）三（界)域生物的主要特征;第三节 各大类微生物的分类系统纲要;一、 原核微生物分类系统;1923年以来已出至第九版(1994)； 第九版伯杰氏细菌鉴定手册设立35个群，将古细菌部改编为5个群，全书描写了约500个属。 划分为四大类： 第一类 具细胞壁的革兰氏阴性真细菌 第二类 具细胞壁的革兰氏阳性真细菌 第三类 无细胞壁的真细菌 第四类 古菌 ;（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology);The Bible of microbiologists-Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology;Groupb;分类等级已知的原核生物种类数目; ; 1 产液菌门(Aquificae) 2 栖热袍菌门(Thermotogae) 3 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria) 4 异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus) 5 金矿菌门(Chrysiogenetes) 6 绿曲挠菌门(Chloroflexi) 7热微菌门(Thermomicrobia) 8 硝化螺旋菌门(Nitrospira) 9 铁还原杆菌门(Deferribacteres) 10 蓝细菌门(Cyanobacteria) 11 绿细菌门(Chlorobi) 12 变形菌门(Proteobacteria) 13 厚壁菌门(Firmicutes)（低G+C革兰氏阳性菌） 14 放线菌门(Actinobacteria)（高G+C革兰氏阳性菌） 15 浮霉状菌门(Planctomycetes) 16 衣原体门(Chlamydiae) 17 螺旋体门(Spirochaetes) 18 丝状杆菌门(Fibrobacteres) 19 酸杆菌门(Acidobacteria) 20 拟杆菌门(Bacteroidetes) 21 梭杆菌门(Fusobacteria) 22 微疣菌门(Verrucomicrobia) 23 网球菌门(Dictyoglom