NCBI资源的使用及进化树的构建.ppt

序列有哪些信誉好的足球投注网站，比对以及进化树的构建 NCBI (National Center for Biotechnology Information ) 美国国立生物技术信息中心 NCBI负责管理GenBank。 GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸序列。 GenBank与日本DNA数据库（DNA Data Bank of Japan, DDBJ）以及欧洲生物信息研究所的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（European Molecular Biology Laboratory, EMBL），所有这3个中心都可以独立地接受数据提交，而3个中心之间则逐日交换信息，并制成相同的充分详细的数据库向公众开放。因此他们是相等的。 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)即碱基局部对准检索工具，是一种序列类似性检索工具。它采用统计学记分系统，能将真正配对的序列同随机产生的干扰序列区别开来；同 时采用启发式算法系统，即采用的是局部对准算法(Local Alignment Algorithm)，而不是全序列对准算法(Global Alignment Algorithm)。 Blast是通过比对(alignment)在数据库中寻找和你的查询序列(query)相似度很高的序列。通俗地说就是在已知的序列数据库中找和你的序列差不多的序列。 序列类似性检索就是将新测定的核酸或蛋白质序列对核酸或蛋白质序列数据库进行检索，找出与之相似的序列，从而评判新测定的序列是重复别人 的工作，还是在前人的基础上有所创新，或是发现了新的序列。 (1)经由WWW使用的BLAST，进入NBCI主页，然后链接到BLAST主页。 (2)网络版的BLASTBLAST2 是标准的网络BLAST客户软件，它可以通过NCBI匿名的FTP服务器()下的/blast /network/blast2/获取。PowerBlast是用于大规模分析基因序列的网络BLAST客户应用软件，它可以通过 NCBI匿名的FPT服务器()下的/blast/network/blast2 /powerBLAST/获取。 blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询；blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对 核酸序列数据库进行查询；blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架（逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码）翻译成蛋白质序列，然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询； tblastn：先将核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列，然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询；tblastx：先将待查询的核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列，然后再将两种翻译结果从蛋白质水平进行查询。 nr: 所有非冗余的GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列；但不包括EST、STS、GSS或HTGS序列。month: 最近30天注释的新增加的或修订的GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列dbEST: GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中EST部分的无冗余数据。dbSTS: GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中STS部分的无冗余数据。htgs: 高允许能力(High Throughput)基因序列。 yeast: yeast(Saccharomyces Cerevisiae)基因核酸序列。E.coli: 大肠杆菌(E.coli)基因核酸序列。pdb: 蛋白质数据库。Kabat[Kabatnuc]: 免疫学上感兴趣的核酸序列Kabat数据库。Vector: GenBank载体数据库。 mito: 线粒体序列数据库。alu: 从重复序列数据库(REPBASE)选取的Alu重复序列，适用于过滤查询序列中Alu重复序列。通过匿名FTP从下的 /pub/jmc/alu目录中获取。epd: 真核生物的启动子数据库。gss: 基因搜寻序列，包括单递基因数据、外切核酸酶捕获序列和Alu PCR序列。 Blastn?: 应该是出现较早的算法。比对的速度慢，但允许更短序列的比对（如短到7个碱基的序列）。 MEGABLAST?: 主要用来鉴定一段新的核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。 速度快。同一物种间的。 Discontiguous MEGABLAST?: 灵敏度（sensitivity）更高，用于更精确的比对。主要用于跨物种之间的同源比