高通量测序技术平台流程与应用.ppt

Illumina Genome Analyzer系统应用方向 DNA Fragment文库测序 DNA Mate-pair文库测序 Small RNA测序 数字化表达谱测序 转录组测序 DNA甲基化测序 ChIP-seq Meta-Genomics DNA测序 血浆微量DNA测序 基因组DNA的随机打断 ↓ DNA片段的末端修复 ↓ 将‘A’碱基加入到DNA片段的3′末端 ↓ 在DNA片段的末端加上特定接头 ↓ PCR扩增连上接头的DNA片段 ↓ 文库检测 ↓ DNA在Cluster Station的成簇扩增 ↓ Illumina?Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息组装/分析 Illumina DNA Fragment文库测序流程 Illumina Mate-pair文库测序流程 基因组DNA随机打断特定大小片段（2-10kb范围可选） ↓ 末端修复 ↓ 生物素标记 ↓ 环化 ↓ 获得来自大片段两端共计400-600 bp的DNA片段 ↓ 修饰、加接头 ↓ PCR扩增连上接头的DNA片段 ↓ 文库检测 ↓ DNA在Cluster Station上的成簇扩增 ↓ Illumina Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息组装/分析 Illumina Small RNA测序流程 从总 RNA中分离 small RNA ↓ 5′接头连接和纯化 ↓ 3′接头连接纯化 ↓ RT-PCR扩增 ↓ Small RNA文库的纯化 ↓ 文库的检测 ↓ DNA在Cluster Station成簇扩增 ↓ Illumina Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息学分析 Illumina 数字化表达谱测序流程 mRNA的分离和cDNA第一链的合成 ↓ cDNA第二链的合成 ↓ 限制性内切酶NlaIII的酶切 ↓ 连接GEX NlaIII Adapter 1 ↓ 限制性内切酶 MmeI 的酶切 ↓ 连接GEX Adapter 2 ↓ Adapter连接cDNA产物和PCR富集 ↓ 文库的检测 ↓ DNA在Cluster Station上的成簇扩增 ↓ Illumina?Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息学分析 Total RNA的DNase I 酶消化 ↓ mRNA 分离和随机打断 ↓ cDNA第一链和第二链的合成 ↓ DNA片段的末端修复 ↓ 将“A”碱基加入到DNA片段的3′末端 ↓ 在DNA片段的末端加上特定接头 ↓ PCR扩增连上接头的DNA片段 ↓ 文库的检测 ↓ DNA在Cluster Station上的成簇扩增 ↓ Illumina?Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息学分析 Illumina 转录组测序流程 基因组DNA随机打断 ↓ DNA片段的末端修复 ↓ 将 ‘A’ 碱基加入到 DNA片段的3’末端 ↓ DNA片段末端加上特别处理的甲基化接头 ↓ 重亚硫酸盐处理 ↓ 去盐处理 ↓ PCR扩增连上接头的DNA片段 ↓ 文库检测 ↓ DNA 在Cluster Station上的成簇扩增 ↓ Illumina Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息学分析 Illumina DNA甲基化测序流程 染色质免疫共沉淀 ↓ 目的DNA片段 ↓ DNA片段的末端修复 ↓ 将 ‘A’ 碱基加入到 DNA片段的3‘末端 ↓ DNA片段末端加上接头 ↓ PCR扩增加上接头的DNA片段 ↓ 文库检测 ↓ DNA在Cluster Station成簇扩增 ↓ Illumina Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息学分析 Illumina ChIP-seq测序流程 Meta基因组的提取 ↓ DNA随机打断 ↓ DNA片段末端修复 ↓ 将‘A’碱基加入到DNA片段的3′末端 ↓ 在DNA片段的末端加上接头 ↓ 纯化连接产物 ↓ PCR扩增连上接头的DNA片段 ↓ 文库的检测 ↓ DNA在Cluster Station的成簇扩增 ↓ Illumina Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息组装/分析 Illumina Meta-Genomics DNA测序流程 收集10-15ml孕妇外周血 ↓ 提取血浆中游离DNA ↓ Q-PCR定量总DNA含量 ↓ 构建DNA文库 ↓ Agilent和Q-PCR检测文库浓度 ↓ Cluster制备和Genome Analyzer上的测序 ↓ Pipeline 和Eland分析 ↓ 计算每条染色体的Z-score值 Illumina 血浆微量DNA测序流程 知识回顾Knowledge Review * *