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Lammps初学者——in文件中文解析
(1)初始化
Units:
Units命令是用来设定模拟的原子类型。
Units style(lammps现在提供的有style=LJ、real、metal、si、cgs、electron)
LJ是硬球模型
Real是真实的原子模型
Metal是金属原子模型
Si是硅(半导体)原子模型
Cgs
Electron是电子模型
Dimension:
Dimension命令是用来定义模拟的维度,默认情况为三维。
Dimension N (N=2,3)
Boundary:
Boundary命令是用来设定模拟的边界条件。
Boundary x y z (x,y,z=p,s,f,m四种类型中的一种或者两种)
P是周期性边界条件
S是自由边界条件(但是具有收缩性)
F是固定边界条件
M是具有最小值的自由边界条件(但是具有收缩性)
Atom-style:
Atom-style定义了模拟体系中的原子属性。
Delete-atoms:
Pair-style:
Pair-style定义了相互作用力场类型,即势函数。
(2)原子定义
1、
Read-data/read-restart:
Read-data或read-restart为从data或restart文件中读取内容来定义原子。
2、
Lattice:
lattice是用来原子类型构建模型晶格结构。
Lattice style scale keyword values...
Style表示点阵类型,点阵类型有none、sc、bcc、fcc、hcp、diamond、sq、sq2、hex、custom。
Scale表示构建的点阵类型的单位长度
Keyword表示后面可以追加0个或者多个关键字,关键字有origin、orient、spacing、a1、a2、a3、basis。
各关键字意思为:
Region:
Create-box:
Create-box命令用于在region box命令指定的区域内创建一个模拟的盒子。
Create_box N region-ID
N为使用该原子类型进行模拟
Region-ID为使用区域的ID使用模拟域
Create-atoms:
Create-atoms用于在所创建的模拟的盒子中填充某种原子。
Create_atoms type style args keyword values ...
(3)设定:
力场系数
Pair-coeff:
模拟参数
Neighbor
Neighbor是定义
Neighbor skin style
Skin为
Style可取bin、nsq、multi
Neighbor-modify:
Group:
Timestep:
Timestep是定义模拟的时间步长。
Timestep dt
Dt为时间步长(时间单位),默认为1ps
Reset-timestep:
Fix
Fix为定义对部分原子或者对系综的操作。
/doc/fix.html
Fix ID group-ID style args
ID=指定的操作名称编号(如1、2、3…….)
Group-ID=制定操作范围的原子(如all……)
Style=操作内容,如何操作
Args=相关操作内容的相关操作参数
Fix-nvt:恒定N(原子数量)、V(体积)、T(温度)对时间积分
Fix-npt:恒定N、P、T对时间积分
Unfix:
Compute/compute-modify:
输出选项
Thermo:
Thermo命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。
Thermo N
每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者log文件
Thermo_style:
Thermo_style命令主要是用来说明采样的内容,即输出到屏幕或者LOG文件中的内容。(/doc/thermo_style.html)
Thermo_style style args
Style=one、multi、custom
Args=特定的参数列表
One args=none
Multi args=none
Custom args=list of attributes
Possible attributes=step、elaosed、elaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpu、
Atoms、temp、press、pe、ke、otatal、enthalpy、
Evdwl、ecoul、epair、ebond、eangle、edihed、eimp、
Emol、elong、etail、
Vol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、
Xy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、
Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、
Fmax、fnorm、
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