11-9-22生物信息学资源1.ppt

复习: 提纲: 提纲: 模式生物基因组计划 酵母、线虫、果蝇、细菌、拟南芥、人类、水稻等共约50多种已完成，70余种正在进行。目前总量已达60亿碱基对！ Escherichia coli大肠杆菌 Saccharomyces cerevisiae酿酒酵母 秀丽线虫Caenorhabditis elegans一种透明的、生活在海滩泥沙中的小虫。 Drosophila melanogaster果蝇 Arabidopsis thaliana拟南芥 Oryza sativa水稻 提纲: 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 3大核酸数据库 基因组数据库的相关背景。 主要的基因组数据库资源。 重点介绍GenBank 三大基因数据库 GenbankGenbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。NCBI的网址是：。 EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，查询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/。 DDBJ数据库日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库，与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析。DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。 GenBank/ The National Institutes of Health NCBI Web Traffic 提纲: 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 与基因组有关的数据库还有dbEST, OMIM等， 主要的数据库资源 核酸序列数据库主要有GenBank, EMBL, DDBJ等. 蛋白质序列数据库主要有SWISS-PROT, PIR, TrEMBL等， 蛋白结构数据库有PDB, MMDB等， 与基因组有关的数据库还有dbEST, OMIM等， 提纲: PDB（protein data bank） 1. 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； 2. 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管理; 3. 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； 4. 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测定方法、提交者信息、一级结构、二级结构等； PDB的网址：/pdb(美国) 模式生物测序 3大核酸数据库 蛋白质数据库 ATTGACTA Primary vs. Derivative Databases ACGTGC TTGACA CGTGA ATTGACTA TATAGCCG ACGTGC ACGTGC ACGTGC TTGACA TTGACA TTGACA CGTGA CGTGA CGTGA ATTGACTA ATTGACTA ATTGACTA ATTGACTA TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG GenBank TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG AT GA C ATT GA GA ATT ATT C C GA GA ATT C C GA GA ATT ATT C C GA GA ATT C C Sequencing Centers GA GA ATT C C GA GA ATT C C UniGene RefSeq Genome Assembly Labs Curators Algorithms TATAGCCG AGCTCCGATA CCGATGACAA GenBank Public free Available via Internet EMBL Data Library DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 三大基因数据库之间的关系 / http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html http://www.ebi.ac.uk/embl/ 美国的核酸数据库GenBank〖Banson