miRNAs调控lincRNAs的生物信息学预测与功能分析.pdf

Hereditas (Beijing) 2014 年 12 月, 36(12): 1226―1234 研究报告 miRNAs 调控lincRNAs 的生物信息学预测与功能分析 樊春燕，魏强，郝志强，李广林 陕西师范大学生命科学学院，西安 710062 摘要 : 基因间长链非编码RNAs(Long intergenic non-coding RNAs, lincRNAs)是位于蛋白编码基因之间的长度 超过200 nt 的非编码RNAs ，在动物中参与细胞周期调控、免疫监视、胚胎干细胞分化等多种生物学过程，但 是 lincRNAs 在大多数植物中的功能尚不清楚。MicroRNAs(miRNAs)是真核生物中一类在转录水平和转录后水 平介导基因沉默的21 nt 左右的内源性单链小非编码RNAs 分子，通过序列互补的方式调控靶标基因的表达。 目前miRNAs 的靶标研究主要集中于编码蛋白的基因，而对于靶标为非编码RNAs 的研究较少，尤其在植物中 的研究更为少见。为了系统挖掘植物中lincRNAs 的功能，文章整合miRNAs 数据、cDNAs 数据和降解组数据， 利用生物信息学方法找到拟南芥(Arabidopsis thaliana )337 个成熟miRNAs 在2708 个lincRNAs 上的可能结合位 点，构建了miRNAs-mRNAs-lincRNAs 调控网络，并根据竞争性内源(ceRNA)假说预测lincRNAs 的功能，为进 一步阐明植物中miRNAs 对lincRNAs 的调控机制以及lincRNAs 的功能奠定了基础。 关键词 : 微小RNAs ；基因间长链非编码RNAs ；降解组；靶标 Prediction and functional analysis of lincRNAs targeted by miRNAs Chunyan Fan, Qiang Wei, Zhiqiang Hao, Guanglin Li College of Life Science, Shaanxi Normal University, Xi ’an 710062, China Abstract: Long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs) located between protein-coding genes are non-coding RNAs longer than 200 nucleotides in length. LincRNAs are involved in a variety of biological processes such as cell cycle regulation, immune surveillance and embryonic stem cells differentiation in animals; however, the func- tion of lincRNAs in plants is largely unclear. MicroRNAs (miRNAs) are a class of endogenous, single-stranded, non-coding small (~21 nt) RNAs, which can regulate gene expression at transcriptional or post-transcriptional level in eukaryotes by means of sequence complementation. Now, intensive studies on protein-coding genes targeted by miRNAs have been carried out, but the research on non-coding RNAs targeted by miRNAs is seldom explored, espe- cially in plants. In order to uncover the potential function of lincRNAs, the data including miRNAs, cDNAs and