基因组学第2章.ppt

2.2.2 DNA标记 Over three markers can be copied at once Sensitivities to small amount of DNA Different fluorescent dyes used to distinguish alleles with overlapping size ranges PIC 的计算 PIC的计算公式(由Bostein提出): PICi = 1-Σ Pij2 PICi 指分子标记 i 的多态性信息量; Pij 指i标记中第j个类型所发生的频率。 例子1 PICi = 1-Σ Pij2 Marker a has two alleles, first allele has a frequency of 50%, the second allele has a frequency of 50% PICa = 1- (0.52 + 0.52) = 1- (0.25 + 0.25) = 0.5 例子2 PICi = 1-Σ Pij2 Marker b has two alleles, first allele has a frequency of 90%, the second allele has a frequency of 10% PICb = 1- (0.92 + 0.12) = 1- (0.81 + 0.01) = 0.18 例子3 PICi = 1-Σ Pij2 Marker A has two alleles, first allele has a frequency of 30%, the second allele has a frequency of 70% PICc = 1- (0.32 + 0.72) = 1- (0.09 + 0.49) = 0.42 例子4 PICi = 1-Σ Pij2 Marker D has 10 alleles, each allele has a frequency of 10% PICd = 1- [10 x 0.12] = 1- 0.1 = 0.9 2.3.1 部分连锁与遗传作图 遗传图的偏离 2.3.2 不同模式生物的连锁分析 目前已有几十种DNA标记被用于遗传分析，根据其形成和发展的历程，可将这些标记分为3大类。 1. 原因有2，其一，小卫星序列在基因组中的分布很不均匀，大多集中在染色体的端部和着丝粒区，而微卫星则分布在整个基因组中；其二，微卫星序列便于PCR分析，当PCR扩增的长度少于300bp时，反应既快速又精确。小卫星序列因其重复单位较长，不利于PCR分析。 SSR采用PCR方法直接扩增，经聚丙烯凝胶电泳直接分型， 由于AFLP分析可采用多种不同类型的限制性内切酶及不同数目的选择性碱基，因此理论上AFLP可产生无限多的标记数并可覆盖整个基因组。 能够在遗传关系十分相近的材料间产生多态性。 AFLP反应对模板浓度要求不高，在浓度相差1000倍的范围内仍可得到基本一致的结果。但该反应对模板DNA的质量要求较为严格，DNA的质量影响酶切、连接扩增反应的顺利进行。 SNP是继限制性片段长度多态性(RFLP)和微卫星多态性(SSR)之后发展起来的第三代分子标记技术。与前两代分子标记技术相比，它具有较多优点。 而无须象检测SSR 标记那样分析片段的长度，这就有利于自动化的筛选或检测技术的开发。 2. 公共数据库中已有大量的表达序列标签(ESTs)、序列标签位点(STSs)、cDNA文库和基因组测序公开的序列等信息。在这些序列之间必然存在大量的重叠区域，通过比较这些重叠区域，并运用一些软件(如XGAP)删除由测序造成的碱基错读，就可得到候选SNP 甚至真正的SNP，这种策略可大大降低成本。 1. 减数分裂时，成对同源染色体彼此靠拢，同源区段并排形成双价体。在双价体中，并列的姐妹染色单体会发生机械断裂，彼此交换DNA区段，交换的结果是染色体上的基因发生重组。 3. 一旦摩尔根认识到部分连锁可以通过减数分裂中的交换给予解释，他即考虑如何设计一种方法来确定基因在染色体上的位置。事实上，关键的突破并不是摩尔根本人取得的，而是他的一位研究生，他设想如果交换是随机发生的，那么任何位点发生交换的机会都是均等的。那么2个彼此靠近的基因之间的重组率要比相互远离的2个基因之间的重组率要小。也就是说重组率和