生物信息学新进展.docVIP

生物信息学新进展 　　 　　机技术和人类基因组计划的应运而生了一门新兴的学科——生物信息学该学科包含了两个交叉领域的工作：用于建立生物学所需信息系统框架（支持生物学的信息管理系统、工具和通讯）的开发工作即传统意义上的生物信息学（bioinformatics）；旨在理解基本生物学的基于计算的研究工作即计算生物学（putationalbiology）生物信息学和基因组研究（BioinformaticsandGenomeResearch）系列会议于1990年开始举办1997年6月11~12日在美国加州旧金山举办了第六届国际生物信息学和基因组研究年会年会的主要议题包括正在出现的新技术、基因的功能分析、新的数据工具和制药先导的基因和蛋白质发现[1]现将有关简介如下：　　一、正在出现的技术　　Klingler(Lncytepharmaceuticals,PaloAlto,CA,USA)强调基因组学正推动制药业进入信息随着不断增加的序列、表达和作图数据的产生描述和开发这些数据的信息工具变得对实现基因组研究的任务至关重要他谈到了Incytepharmaceuticals对大规模基因组数据和生物信息学的贡献　　Lipshutz(Affymetrix,Santaclara,CA,USA)描述了一种利用DNA探针阵列进行基因组研究的其原理是通过更有效有作图、表达检测和多态性筛选方法可以实现对人类基因组的测序光介导的化学合成法被于制造小型化的高密度寡核苷酸探针的阵列这种通过软件包件设计的寡核苷酸探针阵列可用于多态性筛查、基因分型和表达检测然后这些阵列就可以直接用于并行DNA杂交分析以获得序列、表达和基因分型信息Milosavljevic(CuraGen,Branford,CT,USA)介绍了一种新的基于专用定量表达分析方法的基因表达检测系统以及一种发现基因的系统GeneScape为了有效地抽样表达特意制作片段模式以了解特定基因的子序列的发生和冗余程度他在酵母差异基因表达的大规模研究中对该技术的性能进行了验证并论述了技术在基因的表达、生物学功能以及疾病的基础研究中的应用　　二、基因的功能分析　　Overton(UniversityofPennsylvaniaSchoolofMedicine,Philadelphia,PA,USA)论述了人类基因组计划的下一阶段的任务——基因组水平的基因功能分析这一阶段产生的数据的分析、管理和可视性将毫无疑问地比第一阶段更为复杂他介绍了一种用于脊椎动物造血系统红系发生的功能分析的原型系统EpoDB它包括了用于集成数据资源的Kleisli系统和建立internet或intranet上视觉化工具的bioWidget图形用户界面EpoDB有可能指导实验人员发现不可能用传统实验方法得到的红系发育的新的药物靶制药业所感兴趣的是全新的药物靶EpoDB提供了这样一个机会这可能是它最令人激动的地方　　Sali(Rockefelleruniversity,NewYork,NY,USA)讨论了同源蛋白质结构模建比较蛋白质模建（parativeproteinmodeling）也称为同源模建（homologymodeling）即利用实验确定的蛋白质结构为模式（模型）来预测另一种具有相似氨基酸序列的蛋白质（靶）的构象此方法现在已经具有了足够的精确性并且被认为效果良好因为蛋白质序列的一个微小变化通常仅仅导致其三维结构的细微改变　　Babbitt(UniversityofCalifornia,SanFrancisco,CA,USA)讨论了通过数据库有哪些信誉好的足球投注网站来识别远缘蛋白质的方法对蛋白质超家族的结构和功能的相互依赖性的理解要求了解所塑造的一个特定结构模板的隐含限制蛋白质结构之间的最有趣的关系经常在分歧的序列中得以表现因而区分得分低（lowscoring）但生物学关系显著的序列与得分高而生物学关系较不显著的序列是重要的Babbit证明了通过使用BLAST检索可以在数据库有哪些信誉好的足球投注网站所得的低得分区识别远缘关系（distantrelationship）Levitt(Stanforduniveersity,PaloAlto,CA,USA)讨论了蛋白质结构预测和一种仅从序列数据对功能自动模建的方法基因功能取决于基因编码的蛋白质的三级结构但数据库中蛋白质序列的数目每18个月翻一番为了确定这些序列的功能结构必须确定同源模建和从头折叠（abinitiofolding）方法是两种现有的互为补充的蛋白质结构预测方法；同源模建是通过片段匹配（segmentmatching）来完成的计算机程弃SegMod就是基于同源模建方法的　　三、新的数据工具　　Letovsky(JohnshopkinsUniversity,Baltimore,MD,USA)介绍了GDB数据库它由每条人类染色体的许