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化学信息处理.pptxVIP

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化学信息学;化学信息学 Chemoinformatics,chemical informatics, Cheminformatics,chemi-informatics;一、化学信息的表示方法; 一维 结构;(一)一维结构表示;SMILES(简化分子线性输入系统) 编码的基本原则;甲烷 CH4 C 乙醇 C2H5OH CCO 氰化氢 HCN C#N 环已烷 C6H12 C1CCCCC1 吡啶 C5H5N n1ccccc1 异丁酸 (CH3)2CHCO2H CC(C)C(=O)O 反式二溴甲烷 Br/C=C/Br 或Br\C=C\Br 顺式二溴甲烷 Br\C=C/Br 或Br/C=C\Br L-丙氨酸 N[C@@H](C)C(=O)O D-丙氨酸 N[C@H](C)C(=O)O;举例说明;;SLN编码(Sybyl线性标记法)的规则;(二)二维结构表示; 图也可用矩阵表示:设G=V,E为无向图,令mij等于顶点vi与边ej的关联次数,则称(mij)n*m为G的关联矩阵,记为M(G)。;C; 2、化合物结构的矩阵表示 (1)邻接矩阵(以乙醛为例); 3、连接表;(三)三维结构表示;2、内坐标法;(四)分子存储格式及其相互转换;基本存储 分子的元素组成、原子坐标、原子连接关系 其他存储 分子子结构信息,适用于生物大分子 原子电荷信息,调用时不必再计算 确定特定原子化学环境的原子类型信息;二、化合物数据库的生产和管理;MDL ISIS化学数据库管理系统;ISIS (Integrated Scientific Information Management System)——MDL的综合性结构和反应管理软件;2D结构输入;三维结构的转化;三、分子相似性和多样性分析;分子描述符;分子表 示方法;分子相似性分析方法;化学多样性的定量表达——Tanimoto系数;相似性搜寻;四、互联网上的化学信息资源;(一)化学有哪些信誉好的足球投注网站引擎 1、大型通用有哪些信誉好的足球投注网站引擎:Google、百度等。 2、专门用于有哪些信誉好的足球投注网站化学信息的引擎:ChemFinder, MetaXchem….. (二)互联网上的化学数据库 1、文献数据库(CA、Medline) 2、化合物数据库(Gmelin, CSD) 3、综合数据库(Beilstein、PDB);常用化合物数据库;常用数据库的网址

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