基因组测序的原理与方法.pptxVIP

大规模基因组测序的原理与方法; 元素周期表的发现奠定了二十世纪物理、化学研究和发展的基础;生命的奥秘蕴藏于 “四字天书”之中;基因组学的基础理论研究; 基因组学是一个大学科; 基因组学是一门大科学;基因组与生命之谜;测序设备的 垄断和高速度换代;测序设备发展现状;大规模基因组测序的几个支撑技术;; PCR（聚合酶链式反应）原理;Sanger 双脱氧末端终止法测序原理;大 规 模基因组 测 序 的 两 种 策 略;; 两种大规模基因组测序策略的比较 ;BAC by BAC;;BAC by BAC;;; ;;物理图谱的制作——序列标签位点（STS）作图;物 理 图 谱 构 建 的 步 骤;关 于 文 库;BAC文库的构建;BAC克隆的筛选;;;;Beijing Map;共48个;?  Column pools Row pools ? ;“STS-PCR反应池”方案（Pooling Protocol） ;sheet of superpools, plate pools, row pools, column pools ;;引物OGG1.52对应sp#27,34,45的plate,row,column pools的筛选结果;BAC clone 确定 (+为阳性克隆) ;引物OGG1.52的Colony-PCR ;延 伸 克 隆 的 筛 选;;;contig搭建中克隆的错位 ;末端序列步行法 （Walking by End Sequence） 挑取靠近空洞的种子克隆进行末端测序，然后在基因组数据库中进行比对，确定专一性的序列片段作为新的STS路标。最后设计新路标的PCR引物，按照STS—PCR“反应池”方案筛选新的克隆，达到延伸的目的 。 ;四、Clone Identification 1、STS-PCR 2、BAC end sequencing 3、Fingerprinting 4、FISH ;;;;霰弹法测序组装与Finishing;工作流程图 ;Shotgun Sequencing I :RANDOM PHASE;Shotgun Sequencing II:ASSEMBLY;Consensus;Consensus;Consensus;Consensus;;;BAC-----453F3’s finishing;;;克隆211B19组装后的序列的错误率为零 ;Whole Genome Shotgun; This bacterium has a circular genome structure with 2,689,445 base pairs, the second largest one of thermophiles decoded completely to date.;What is under heaven is for all. Sun Yat-sen, the father of modern China ;国际一流测序生产线 7万克隆，3000万碱基/天 高产出、低成本： $/bp?￥/bp?美分/bp?分/bp;Contigs:127,550 (N50=6,688 bp);De Novo Sequencing the Genome in BIG;Second generation sequencers;;Second generation sequencers in BIG;测序平台;Sequencing Glossary;Genome assembly strategy;Recent whole genome sequencing projects; ; ; ;;;Raw sequencing reads pre-processing I ;Raw sequencing reads pre-processing II;raw data pre-process;Image analysis and basecalling;Quality Control;Fastq and Quality;Data assessment I – Read quality distribution;Low Quality ? High Quality ;454 dinucleotide proportion check;Data assessment II – Library insert size;Numbers of reads with non-insert DNA (full length adapter) in different insert size