生物化学生物信息传递上-从DNA到RNA.ppt

* * （利福霉素 rifamycin、利福平 rifampin）－－抑制I位点 （利迪链菌素（streptollydigin）通过与β亚基结合而抑制延伸反应）－－－抑制E位点 * * 最早是根据他们从DEAE－纤维素柱上洗脱的先后顺序而定出来的，后来发现不同的生物的三种RAN聚合酶洗脱的顺序并不相同 * Tyr－酪氨酸 Thr－－苏氨酸 不同生物中重复数目不一样，重复数目对于酶的活性十分重要，缺失一半以上的重复数致死突变 * ⅡB → ⅡA的转变可使转录效率提高10倍左右 * Consensus－－一致同意 多数的 * 开放型启动子复合物形成后,使RNApol聚合酶定向，顺流向下行使其转录功能。 * RNA转录的起始过程结束→核心酶移动进入延伸过程 * DNase 法鉴定的片段一般为40bp，为了得到准确的结果，一般采用足迹法（footprinting） * * 间距非常重要，17bp的间距转录效率最高 （开放型启动子复合物形成时,DNA模板链的解链长度12 ~ 17bp） * 最早是根据他们从DEAE－纤维素柱上洗脱的先后顺序而定出来的，后来发现不同的生物的三种RAN聚合酶洗脱的顺序并不相同 * Tyr－酪氨酸 Thr－－苏氨酸 不同生物中重复数目不一样，重复数目对于酶的活性十分重要，缺失一半以上的重复数致死突变 * ⅡB → ⅡA的转变可使转录效率提高10倍左右 * 碱基大多为A，两侧为若干个嘧啶核苷酸 ? 两侧为富含G.C的序列 * ? 框内任何一个碱基的替代突变都是强烈的下降突变（反向） TATA是绝大多数真核基因的正确表达所必需的（没有TATA框的基因表达过程可能存在着某种替代机制） CAAT框前两个 G 的作用十分重要,缺失导致转录效率急剧下降 （距转录起始点的距离，正反方向影响都不大） * 转录方向离开72bp的起始序列优先转录（该序列中可能含有引起转录终止的序列） 增强子的详细作用机制还处于探索中 * 在H2B的启动子中有两个OTC元件，2个CAAT框，1个TATA框 * snRNA，与其他基因的启动子相似 * 不同长度的5SrRNA基因中缺失部分用非特异性的DNA序列代替 DNA转录 hnRNA 成熟mRNA 指导蛋白质合成 真核基因平均含有8个内含子，hnRNA≈4～10mRNA 不同生物细胞内含子的边界处存在相似的核苷酸序列 GU-AG （主要） AU-AC （次要） 3.5.2 RNA的剪接 许多相对分子质量较小(106～185bp)的核内RNA(如Ul，U2，U4，U5和U6)以及与这些RNA相结合的核蛋白(被称为snRNPs，ribonucleo protein particle)参与RNA的剪接。 5′ 3′ Ul snRNA以碱基互补的方式识别 U2AF识别并引导U2 snRNP与分支点相结合 进一步与U4、U5、U6 snRNP三聚体相结合，形成60S的剪接体，进行RNA前体分子的剪接 内 含 子 剪 接 的 动 态 过 程 哺乳动物细胞中，mRNA前体上的snRNP是从5′向下游“扫描”，选择在分支点富嘧啶区3′下游的第一个AG作为剪接的3′受点 如果mRNA前体上同时存在几个AG，可能发生剪接竞争 AG前一位核苷酸可以影响剪接效率 CAG＝UAGAAGGAG 带有I、Ⅱ类内含子的RNA本身具有催化活性，能进行内含子的自我剪接 在I类内含子切除体系中，鸟苷或鸟苷酸的3′-OH作为亲核基团攻击内含子5′端的磷酸二酯键，从上游切开RNA链。再由上游外显子的自由3′-OH作为亲核基团攻击内含子3′位核苷酸上的磷酸二酯键，使内含子被完全切开，上下游两个外显子通过新的磷酸二酯键相连。 在Ⅱ类内含子切除体系中，内含子本身的某个腺苷酸2′-OH作为亲核基团攻击内含子5′端的磷酸二酯键，从上游切开RNA链后形成套索状结构。再由上游外显子的自由3′-OH作为亲核基团攻击内含子3′位苷上的磷酸二酯键，使内含子被完全切开，上下游两个外显子通过新的磷酸二酯键相连。 3.5.3 RNA的编辑和化学修饰 断裂基因的发现和RNA的剪接使得基因表达过程增加了一个步骤 DNA的实际编码序列没有发生变化 RNA的编辑(RNA editing)是某些RNA，特别是mRNA的一种加工方式，它导致了DNA所编码的遗传信息的改变，因为经过编辑的mRNA序列发生了不同于模板DNA的变化。 在RNA水平改变密码子，不导致遗传性 点突变编辑 除点突变之外，RNA编辑的另一种形式是尿苷酸的缺失和添加。由指导RNA(即guide RNA)来完成，指导RNA含有与编辑后mRNA相互补的核苷酸序列。指导RNA与被编辑区及其周