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数据库及算法的构建思路裴子建2016年1月19日VITEK MS (IVD)市售它牌质谱SARAMIS (RUO) 梅里埃Vitek MS数据库构建的独特概念基于菌株基于种群以种群代表的种属 可发现种属特异性的特点需要许多参考菌株以个别菌株代表的种属快速构建数据库不需代表典型菌株Vitek/API Sequencing梅里埃美国科研部梅里埃法国科研部外部菌株ATCC试验计划质控选择菌株(每个种属〉10株)收集菌株采集谱图不同培养基培养,不同培养时间明显，稳定数据库质数据库构建思路1046 菌种13,790以上 分离株 (数据库里的菌株)29,873 以上图谱 平均每个菌种有18菌株平均每个菌种有40个图谱1,500 菌种9,620分离株 (数据库里的菌株)18,808 图谱平均每个菌种有8菌株平均每个菌种有16个图谱VITEK MS IVD56 菌种 25 菌株25 菌种 100 菌株金黄色酿脓葡萄球菌 (S aureus) : 328株大肠埃希氏菌 (E coli) : 475株白念珠菌 (C albicans) : 133株肺炎链球菌 (S pneumoniae) : 306株VITEK? MS IVD 临床数据库与算法Advanced Spectra ClassifierVITEK MS (IVD) v2.0 专家图谱鉴别器(ASC) 分析原理权重矩阵分析 ASC的使用： 建立数据库 鉴定样本的图谱 特点： 没有图谱比较 软件里没有内建图谱, 只有分析蛋白矩阵重量 计算时间更快14 专家图谱鉴别器(ASC)每一个专家图谱鉴别器包含两个部分菌种特定权重矩阵菌种特定的分析功能:计算分析样本与权重矩阵的 相似百分比 菌株库建立原理质量区间分布顶峰区间1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 …………………………. ..…. 1298 1299 1300S1 S2 S31 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ………………显示 /未显示 +++++S1 S2 S3++++++++1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ……………… 菌株库权重矩阵发展1 2 3 4 ………… 306 S pneumoniae(306 isolates)肺炎链球菌++--+---+++++-+++--+-++-1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 …… 13001 2 3 4 …… 475 E coli(475 isolates)大肠杆菌--+-----+--+-++-+-++--++-1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 …… 1300 权重矩阵发展Bin 1Bin 2Bin 3Bin 4Bin 5….. Bin 1300S. pneumoniae肺炎链球菌S. pneumoniaeS. aureus金黄色葡萄球菌C. freundii弗劳地枸橼酸盐杆
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