16、 14日下午李晓娟-NGS数据解读的临床应用与遗传咨询.pdf

NGS数据解读的临床应用及遗传咨询 中山大学孙逸仙纪念医院 细胞分子诊断中心 李晓娟 2018.1.14 主要内容 数据分析的临床验证标准和指南 数据解读的基本流程 NGS数据解读与遗传咨询 2 临床样本NGS检测流程 样本准备 血液标本和实体肿瘤标本(Somatic and germline mutation) 文库构建 杂交捕获法和扩增法 测序 合成测序（Illumina ） 离子半导体测序（ThermoFisher ） 四种主要变异类型 ： 数据分析 单核苷酸变异（SNVs ）、小片段插入和缺失（indels ） 拷贝数变异（CNAs ）以及结构变异（SVs ） 数据解读 变异位点解读→临床基因检测报告 3 临床测序数据分析—流程 按照一定的逻辑和顺序来处理NGS数据的流程统称为NGS生物信息流程。 NGS生成基因数据后，生物信息学基于分子生物学的概念，通过计算（应用数学， 计算机科学和统计学等）的方法和模型来分析和处理，得到有效信息。 • 软件和工具集合 ∙ 注释数据库 ∙ 操作环境（硬件和软件 ）  Cutadapt http://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/guide.html#  Samtools : /  GATK: Genome Analysis Toolkit /gatk/  BWA /  SOAP2 /  SOAPsnp /soapsnp.html  Samtools /  SNP: Unified Genotyper,Glfmultiple, SAMtools, Avadis NGS  CNV: CNVnator  Indel: Pindel, Dindel, Unified Genotyper, Avadis NGS 临床测序数据分析—流程 按照一定的逻辑和顺序来处理NGS数据的流程统称为NGS生物信息流程。 NGS生成基因数据后，生物信息学基于分子生物学的概念，通过计算（应用数学， 计算机科学和统计学等）的方法和模型来分析和处理，得到有效信息。 • 软件和工具集合 ∙注释数据库 ∙ 操作环境（硬件和软件）  塔式服务器  Linux系统（Ubuntu、CentOS ） 临床测序数据分析—流程 按照一定的逻辑和顺序来处理NGS数据的流程统称为NGS生物信息流程。 NGS生成基因数据后，生物信息学基于分子生物学的概念，通过计算（应用数学， 计算机科学和统计学等）的方法和模型来分析和处理，得到有效信息。 • 软件和工具集合 ∙注释数据库 ∙ 操作环境（硬件和软件 ）  人类疾病突变数据库：Clinvar ，HGMD  基因注释数据库：refGene ，knownGene ，ensGene  危害性预测数据库： SIFT, PolyPhen2 ，MutationTaster ，EVEL,M-CAP等  可变剪切数据库：s