引物设计软件oligo应用图解.pdf

. 引物设计软件 oligo 应用图解 在专门的引物设计软件中， “Oligo ”是最著名的。它的使用并不十分复杂， 但初学者容易被其复杂的图表吓倒。 Oligo 5.0 的初始界面是两个图： Tm 图和 ΔG 图；Oligo 6.0 的界面更复杂，出现三个图，加了个 Frq 图。“ Oligo ”的功 能比“ Premier ”还要单一，就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至 于能风靡全世界。 oligo 的下载和安装我就不多说了，打开 oligo 相信也无需多 讲。打开 oligo 的页面如下： 单击 file 菜单再点 open 或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“ CTrl ＋ O”可打开下面的窗口： 可编辑 . 在打开的 OPEN 窗口内选择 FreqSeq 再点“打开”： 可编辑 . 选择 drosfr 或者其它一个文件点击“打开”： 出现以下窗口，点击“ window ”再点击“ Tile ”： 可编辑 . 出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为 Tm 、ΔG 和 Frq ，其中 Frq 是 6.0 版本的新功能， 为邻近 6 至 7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中 的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。因为分析要涉及多个指标， 起动窗口的 cascade 排列方式不太方便， 可从 windows 菜单改为 tile 方式。如 果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如 Frq ，这样界面的结构同于 Oligo 5.0 ，只 是显示更清楚了： 可编辑 . ? G 值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的? G 值在 5 端和中间值比 较高，而在 3 端相对低（如图）。 Tm 值曲线以选取 72 ℃附近为佳， 5