实验课小分子三维结构构建与优化_药物设计学.pdf

小 分 药 子 三 物 维 结 设 构 构 计 建 与 学 优 化 实验目的 C 实验原理 O 目N T 实验步骤 E N T 思考题 录S 这里主要是填写目录标题 01 实验目的 aa 实验目的 • 利用accelrys公司的Discovery Studio软件，构建下列三个化合物的结 构，了解Discovery Studio的界面及基本操作，熟悉构建小分子的三维 结构的方法及优化方法。 aspirin dopamine cholesterol 复旦大学药学院 02 实验原理 aa 实验原理 • 小分子模拟主要是构建小分子的三维结构，研究小分子的构象并对 其性质进行模拟，是从事分子模拟与药物设计工作的基础。 • 构建小分子的三维结构是一个多步骤的过程，常见分子模拟软件都 有此项功能，如sybyl ，MOE ，Schrödinger、Discovery Studio都有 此项功能。 复旦大学药学院 03 实验步骤 aa 实验步骤 • 利用Discovery Studio软件绘制三个药物分子的三维结构 • 小分子结构的优化 • 计算小分子理化性质 • 小分子绘制结构的保存 复旦大学药学院 打开小分子编辑窗口、菜单及工具条 复旦大学药学院 绘制重原子骨架 复旦大学药学院 修改原子类型 复旦大学药学院 修改杂化态、手性、电荷 复旦大学药学院 加氢处理 复旦大学药学院 加氢处理 复旦大学药学院 构象优化 复旦大学药学院 计算性质 复旦大学药学院 小分子保存 常见的小分子保存格式： MDL MOL/SD Files Sybyl MOL2