2015高通量测序专题培训：R语言 .pdf

R语言 李虹 2015-08-25 内容 • R简介及扩展包 • R基本数据类型及统计检验方法 • R图形展示 • R解决生物学统计问题实例 • 创建R包 / R是什么？ • R是一种免费的用于统计计算和作图的语言。 • 可用于多种操作系统：UNIX，Windows和 MacOS。 • 同类软件：Matlab, SAS, SPSS 。 • R的优势：免费、开源、强大的软件包、图 形参数灵活、便捷的帮助文档….. / R下载及安装 R-3.1.0-win.exe 双击安装 /web/packages/index.html CRAN • 存储各种R的包。 • 目前共有5694个包。 • 针对33个常见主题，将相关的包分门别类地整 理在一起（/web/views/ 安装软件包 • 图形界面，直接选择需要安装的包 安装软件包 • 先下载包的源文件，然后再安装 • 或用命令行方式： install.packages(scatterplot3d_0.3-35.zip, repos=NULL) 查看包的内容 • 加载包 library(scatterplot3d) • 查看包的描述及所有函数 library(help = “base) • 查看函数的功能 ?sum • 包的帮助文档 / • 收录生物学相关的R包 • 安装Bioconductor source(/biocLite.R) biocLite() • 安装Bioconductor中的包 source(/biocLite.R) biocLite(“affy”) 推荐用biocLite，会自动安装其它需要的包 • 文档 /home/R_BioCondManual /packages/release/BiocViews.html#___Software Bioconductor中的包 安装R及本课程所需要的包（15分钟） • R-3.1.0-win.exe • CRAN 中的包：scatterplot3d_0.3-35.zip • Bioconductor中的包：GEOquery source(/biocLite.R) biocLite(GEOquery) biocLite(affyPLM) 内容 • R简介及扩展包 • R基本数据类型及统计检验方法 • R图形展示 • R解决生物学统计问题实例 • 创建R包 数据类型 • 数值（numeric） x=4 x*2 log(x) [1] 8 [1] 1.386294 class(x) [