2015高通量测序专题培训：分子进化基础.pdf

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2020-08-27 发布于安徽
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分子进化基础中国科学院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室王振，PhD zwang01@sibs.ac.cn 苏州贝斯派生物科技有限公司提纲  进化距离 —进化距离的概念 —核苷酸模型 —氨基酸模型 —密码子模型  进化树 —进化树的概念 —分支长度估计 —拓扑结构的有哪些信誉好的足球投注网站和检验苏州贝斯派生物科技有限公司序列的进化距离 AATGAAAGAATCGC ACTGGAGGA-TCGC Match Seq1-AATGAAAGAATCGC |*||*|*||-|||| Seq2-ACTGGAGGA-TCGC Mismatch Indel 核酸序列的进化距离：平均每个位点的核苷酸替代次数苏州贝斯派生物科技有限公司 P距离 •定义：进化距离是指平均每个位点的核苷酸替代次数。 •假定：每个位点至多只发生一次核苷酸替代，计算Seq1和Seq2 的进化距离（p距离）。 Seq1-AATGAAAGAATCGC |*||*|*||-|||| Seq2-ACTGGAGGA-TCGC •Match位点数：10 Mismatch位点数n ：3 d Indel位点数：1 •有效位点总数n ：10 + 3 = 13 •p距离d =n /n=3/13 = 0.23 p d 苏州贝斯派生物科技有限公司进化距离的方差 Seq1-AATGAAAGAATCGC Seq1-AATGAAAGAAT |*||*|*||-|||| |*||*|*||-| Seq2-ACTGGAGGA-TCGC Seq2-ACTGGAGGA-T n=13 n=10 n =3 n =3 d d d =0.30 d =0.23 p p Var(d )=0.02 Var(d )=0.01 p p •进化距离是与序列长度（样本大小）有关的统计量 •在统计学中，用方差（标准差/标准误）衡量统计量的波动大小 •序列越长，方差越小 •P距离d =n /n 的方差为Var(d )=d (1-d )/n p d