GaussView 画图技巧论述.ppt

1.3基组 基组是分子轨道的数学表达。其中一种为分裂基组 。最精确的方法是B3LYP/6-311+G(3df,2df,2p)和B3LYP/6-31G(d),注意其表示?用后一种方法优化结构,用前一种方法计算能量及性质.这不是最昂贵的计算方法. .......... 1.4 弥散函数(Diffuse Functions) ?? 6-31+G(d)基组表示的是6-31G(d)基组在重原子上加上弥散基组,6-31G++(d)基组表示对于氢原子也加上弥散函数.这两者一般在精度上没有大的差别. .......... 1.5分子结构 首先是电荷和自旋多重度，电荷就是分子体系的电荷了，没有就是0，自旋多重度就是2S+1，其中S 是体系的总自旋量子数，其实用单电子数加 1 就是了。没有单电子，自旋多重度就是1. 1.6分子几何构型 一般可以用迪卡尔坐标，也可以用Z-矩阵(Z-Matrix) .......... 二，Gaussian 计算实例（进行几何优化,在起始结构的附近寻找具有最低的能量的结构.） 计算优化乙烯结构： 第一步，写好高斯输入文件： 1、（画出乙烯分子结构并保存文件） 2、点击菜单上的Calculate，选中Gaussian..，打开高斯计算设置窗口。 .......... .......... .......... 3、设定工作类别optimization， .......... 4、设定计算方法，Ground State 表示计算基态，DFT…表示用密度泛函理论，Unrestricted表示用非限制性的，即分别计算α电子和β电子；B3LYP 表示用的函数为B3LYP 函数。下一行为计算所用基组设置，本计算采用的基组为6-31G，后面的是加极化函数和弥散函数，我们这儿暂时不考虑。然后再一下行第一个Charge 表示计算分子所带电荷量，这里设为0，表示是中性分子；然后是自旋多重度spin，singlet 表示自旋多重度为1，分子中没有单电子。 .......... .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu .iuu GaussView 画图技巧：九个基本高级技巧 .......... 1. 三个变形工具 上图的三个变形工具可以实现旋转分子的某一部分以及断键成键和选择键型等功能，我们不妨将这些工具依次称为“键长”、“键角”和“二面角”工具。根据需要必须适当选择某些原子的旋转方式，有“旋转全组”（“Translate group”，默认），“旋转原子”（“Translate atom”）和“固定”（“Fixed ”）三种，如下图所示。 .......... .......... 例1.1构造乙烷的重叠式构象（思路很简单，只需将其中一个甲基相对于另一个甲基绕C-C 键旋60即可，将二面角从180 度设为120 度，就可以将右边的甲基旋转60 度，从而得到乙烷的重叠式构象。） .......... 2. 利用加氢工具获得最佳成键位置 利用上图的加氢工具可以对某个原子添加一个氢原子。但这个氢原子的成键取向有时并非我们想要的。解决办法是：既然我们第一个加氢的取向不理想，那么我们就再添加一个，就这样连续不断地加氢，直到所加的氢原子的位置符合我们需要位置。然后利用删除工具将前面添加的氢原子全部删除即可。加氢工具的另一个目的就是为 .......... 后面添加其他基团做准备。用基团工具点击氢原子将氢原子取代掉后即可达到在一定的成键方向添加某个基团的目的。 例2.1：构造出环戊二烯，用删除工具删除CH2的两个氢原子。再用加氢工具加一个氢原子即可得到正确取向的氢。 例2.1：构造出环戊二烯，用删除工具删除CH2的两个氢原子。用加氢工具加一个氢原子即可得到正确取向的氢。用羰基点击氢原子将氢原子取成羰基。 .......... 3. 点群工具(是将分子进行对称化) .......... 选择菜单 Edit Point Group...即弹出上图的点群工具对话框，选定适当的容差值（tolarence）即可将分子进行对称化，使分子具有某种点群对称性。点击“Symmetrize”按钮后，分子就已经具有相应点群对称性了。如果再选择“Constrain to subgroup”中的某个点群，则笛卡尔坐标轴的定向将按照分子的对称轴进行选取，如下图所示。 .......... .......... 如果再选中下方的“Always tra