论述化学蛋白质组学.ppt

常用几种软件进行分析。 PeptIdent是以肽质量指纹谱数据鉴定蛋白质的查询软件,是将数据库中的所有蛋白质用我们选定的酶进行“理论消化”形成肽片段,计算其理论肽段质量,建立索引,然后再与输入的实验数据进行对比,按实验数据匹配数的多少排列并输出匹配结果。蛋白质的等电点、分子量和种属可以详细限制候选蛋白,减少假阳性误差。 MS-Fit和Mascot软件利用了MOWSE得分法,特别考虑数据库中肽段分布频率的问题。Mascot软件还把MOWSE得分转换为绝对概率,减少结果的不确定性。 0.0 * 蛋白质组学相关网站 蛋白质组研究技术、信息等。  从新药开发角度，发现新蛋白及新作用。  可以找到蛋白质组研究相关企业、各 种仪器来源、新闻等。teome.co.uk 各种蛋白质组研究相关信息 http://www.micromass.co.uk 介绍蛋白质鉴定的先进仪器 http://www.expasy.ch 蛋白质鉴定专家系统，Swiss Institute of Bioinformatics .au 蛋白质鉴定专家系统，Australian Proteome Analysis Facilityhttp://expasy.cbr.nrc.ca 蛋白质鉴定专家系统，Canadian Bioinformatics Resours 0.0 * 二、功能蛋白质组学技术 功能蛋白质组学主要是研究蛋白质功能、蛋白质－蛋白质相互作用、蛋白质－小分子相互作用，其方法主要有蛋白质阵列技术(protein arrays)、噬菌体展示技术(phage display)、基因芯片技术(cDNA micr-oarray)、酵母双杂交技术等。 而通过筛选小分子配体来描述新蛋白的功能，是化学蛋白质组学的主要研究内容，化学蛋白质组筛选也将提供新药开发的先导化合物。共价结合于目标蛋白质、便于纯化和鉴定的化学探针，无疑是该领域最为重要的工具。可利用化学探针在纯化的蛋白质、细胞裂解物、活细胞和活动物等不同水平，评价药物作用强度和选择性。一方面，可鉴别与不同疾病相关的新型药物靶点；另一方面可用于药物先导化合物的快速鉴定，从而加快候选化合物应用于临床的进程。其中基于靶酶活性的特异化学小分子探针(activity-based probes，ABPs)是一种新的化学蛋白质组学研究技术。 0.0 * activity-based probes，ABPs 该技术的原理是：合成同时带有反应基团和标签基团的ABPs试剂与待研究的蛋白质组作用(ABPs中的反应基团能够特异性共价修饰蛋白质组中的某类酶蛋白而将化学小分子“挂”到感兴趣的靶酶上，然后，利用ABPs中的荧光或生物素标签基团又可将这些靶酶一个个地从蛋白质组中“钓”出来)。由于ABPs是针对待研究靶酶的活性而定向设计的化学小分子，因而能够直接检测蛋白质组中感兴趣的靶酶的活性。 ABP 的分子量通常在 700-1000 D，这主要是由于报告基团(荧光基团或生物素)造成的，这些报告基团还可能改变活性分子在体内的性质及其与靶蛋白的作用模式，并因此限制了ABP分子在体内细胞的吸收与分布。ABPP 实验一般都是在体外进行的，如细胞或组织匀浆液，这种实验方式可能会改变细胞或组织内活性酶或非活性酶的浓度及它们各自的亚细胞分布。因此，体外的功能蛋白质组学研究只能大致地揭示活细胞或动物体内组织中蛋白质的功能状态。 0.0 * 1，不可逆探针 就其主要基础性结构而言，不可逆的化学探针具有三种特异的功能部位：与酶共价交联的反应基团，调节反应基团反应特异性的链接区和一个便于鉴别和纯化目标酶的标记物。 （1）反应基团 反应基团为靶蛋白质提供必要的共价修饰，其选择性的高低是化学探针设计过程中的最大的挑战?其难度在于功能基团的二元性，一方面具有特定蛋白质中氨基酸残基的反应性，另一方面不识别细胞或细胞抽提物的其他活性片段。 （2）链接区 通常采用长链烷或聚乙二醇作为化学探针的链接区，连接反应基团和标记物。主要在反应基团和标记物之间提供足够的空间以阻止空间障碍的形成，便于反应基团与酶的结合以及对结合物的纯化。烷基链可调节探针的疏水性，使其便于进入活细胞和组织；而聚乙二醇链可提高疏水探针的溶解性，便于进入水溶液。 0.0 * （3）标记物 一般选用生物素、荧光物质和放射性物质作为化学探针的标记物，可快速鉴别和纯化探针所修饰的蛋白质。蛋白质凝胶电泳是最简单有效的蛋白质分离方法，因此用于标记探针的物质应兼容于SDS法。 0.0 * 0.0 * 0.0 * 0.0 * 0.0 * 0.0 * 目前,该方法已成功地分别用于针对丝氨酸蛋白酶，巯基蛋白酶，去泛蛋白化酶等靶酶的功能蛋白质组研究,并从中发现了一些化学小分子体内作用的疾病相关新靶点。 0.0 * 0