化学信息学第八讲hyperchem 软件学习.ppt

第八讲 Hyper Chem程序使用方法  HyperChem程序简介 Hyperchem是优秀的分子模拟与教学软 件,灵活易操作,质量高,可进行量子化 学计算,分子力学及分子动力学模拟 Hyperchem有方便的的模拟工具,美观的 图形界面,可使用量子化学的半经验方法 (AM1、PM3等),从头算方法(UHF,RHF 和CI等),密度泛函方法(7.0版后增加)进 行计算。可进行单点能,几何优化,分子 轨道分析,蒙特卡罗和分子力学计算,预 测可见紫外光谱。  Hyper Chem程序简介 程序具体功能 输入结构、读取数据文件和直接操作 分子。以球、棍及其混合模式等不同方式 显示分子 2.用量子化学或经典势能曲面方法,进 行单点、几何优化和过渡态寻找计算。可 以进行的计算类型有:单点能,几何优 化,计算振动频率得到简正模式,过渡态 寻找,分子动力学模拟, Langevin动力 模拟, Monte carloz模拟  Hyper Chem程序简介 3.支持的计算方法有:从头计算,半经验 方法,分子力学,混合计算等。 4.可以用来研究的分子特性有:同位素 的相对稳定性,生成热,活化能,原子电 荷, HOMO-LUMO能隙,电离势,电 亲和力,偶极矩,电子能级,MP2电子相 关能,CI激发态能量,过渡态结构和能 非键相互作用能,UVⅥS吸收 R吸收谱,同位素对振动的影响,对结构 特性的碰撞影 簇的稳定性 5.支持用户定制的外部程序。  Hyper Chem程序简介 6.其它模块: RAYTRACE模块,RMS rit, SEQUENCE编辑器,晶体构造器糖 类构造器,构像搜寻,QSAR特性,脚本 编辑器 7.新的力场方法: Amber2, Amber3, 用于糖类的 Amber, Amber94, Amber96。 8.ESR谱。 9.电极化率 10.二维和三维势能图  Hyper Chem程序简介 11.蛋白质设计 12.电场。 13.梯度的图形显示。 14.新增功能:密度泛函理论(DFT)计 算,NMR模拟,数据库, Charmm蛋白质 模拟,半经验方法TNDO,磁场中分子计 算,激发态几何优化,MP2相关结构优 化,新的芳香环图,交互式参数控制,增 强的聚合物构造功能,新增基组  Hyper Chem程序简介 75版新增功能 OpengL绘图 基础演示模式:已全部转换为全新的 Opengl模式,使分子演示图形具有更高 质量支持自定义色彩,1600万种颜色代替 了传统的8种标准色 混合演示:棒型,球型或组合型等分子 演示手段可以用于该分子的任意原子及链 段的演示,及全新的适用于原子的管型 演示。增强的蛋白质模型构建功能,支持 多种蛋白质二级结构演示,大分子的电子 密度近似方法。  HyperChem程序简介 Hyper Chem程序有不同的版本,是适合 于微机环境运行的教学程序。通过网络可 以免费下载 Hyper Chem程序包的演示版 本,现在该公司提供的必威体育精装版版本为V8.0。 该公司的网址为:www.hyper.con  Hyper Chem程序的运行环境 1、软件环境 Windows95、 Windows98或 Windows2000 系统。 2、硬件环境 486以上的微机,内存应在8M以上,硬盘 至少有32M以上自由空间。 为了能够以最佳方式显示分子图像,最好 有VGA以上显示器。  Hyper Chem程序文件 文件正)辑E)查香A工具》出H) 白③魏文件夹④历X的 面道◆吗凹 0o1.p Program dauss HCb-D.STR,, Hcconrot 修改时间:2002-71400 小;6KB HCRmsfit HCScit HCSequencB HCScar 。黑 s730 603kE 但我的电扇