高斯软件分子内坐标的输入.docxVIP

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2020-09-29 发布于河北
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高斯软件分子内坐标的输入.docx

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. 分子内坐标输入以含 H2O 的高斯输入格式为例： p HF/STO-3G Water energy 1 O H 1 0.956 H 1 0.956 2 104.5 计算的最基本格式如上例所示，第一行表示计算方法和基组，然后空一行，第三行表示名称，然后空一行，蓝色的一行两个数字分别表示分子电荷和自旋多重度，红色部分为分子内坐标。在分子内坐标系中，分子中每个原子的相对位置是用与它成键的另一原子间键长、该键与另一化学键间的键角，以及后者与和它有一条公共边的另一键角所成的二面角来确定。可以理解为原子在空间的相对位置，取分子中的一个原子作为参考原子逐步确定其他原子的位置。需注意： [键长 ]的默认单位为 ?； 0o [键角 ]≤ 180o。 [二面角 ] 的定义为包含原子 A、1 、2 的平面与包含原子 1、2、 3 的平面所成的夹角，其取值区间为 [-180o, 180o]。二面角所取的正负符号由 “右旋法则 ”确定。用“右旋法则” 确定二面角的正负时，取包含参考 3 个原子的平面为基准面、参考原子 2 指向参考原子 1 的位矢方向为基转轴的正方向。若被定义的原子 A 与参考原子 1、 2 构成的平面位于基准面的逆时针方位，则其二面角参量为正号，否则为负号。以上是关于内坐标的解释，我们在输入分子内坐标时大多依靠软件（ chem3D 和 gauss view）进行。下面以甲烷为例说明 : 首先使用 chem3D 画一个甲烷分子； . . 然后另存为格式为 gjf 使用记事本打开保存的文件，如果是内坐标表示完成；如果显示的是笛卡尔坐标如下 . . 关掉文件，再使用 gauss view 打开文件后，右击，选择 file → save . . 文件储存类型选择 Gaussian Input Files（ *gjf ），write Cartesians （表示的是笛卡尔坐标）前面不打勾。保存的文件即为甲烷的内坐标。 .